Если задача в лоб не решается хочу попробовать так: сбрасываю точки графика в файл ...
Могу порекомендовать
asymptote. Может нарисовать график по точкам, для соединения точек может использовать сплайны (как и gnuplot).
Как вариант, можно попробовать
PSTricks (не использовал для построения данных, но, судя по документации, может) или
TikZ/PGF (но этим тоже не пользовался).
Основное преимущество всех программ: прекрасно работают с \LaTeX'ом. Первый для создания подписей (label'ов) может использовать \LaTeX (как в metapost, кстати, его тоже можно посмотреть), про PSTricks и TikZ/PGF и говорить нечего (работают только под \TeX/\LaTeX).
---
WBW, Vladimir