Никакой "природы" тут нет.
Я думаю, что природа все-таки есть (но надо уточнить, что понимается под природой -- об этом тремя строчками ниже): можно взять множество вообще, а можно взять конкретное множество, например, множество прямых на плоскости, множество натуральных чисел или множество непрерывных функций.
Это в некотором смысле то же самое как если мы возьмем три треугольника: деревянный, железный и пластмассовый. Каждый из них представляет собой воплощение "в презренной материи" одного и того же принципа треугольника.
Множество прямых на плоскости, множество натуральных чисел и множество непрерывных функций это не материальные, а математические объекты, тем не менее -- в некотором смысле -- все они представляют собой воплощение "в презренной материи" одного и того же принципа множества.
То есть под природой здесь (под "презренной материей") я понимаю конкретное воплощение общего принципа (частное проявление общего).
Также и отношение эквивалентности может быть отношением эквивалентности вообще, то есть подмножеством

декартова квадрата

со свойствами рефлексивности, симметричности и транзитивности, а может быть конкретным отношением эквивалентности, например, отношением параллельности или отношением сравнения по модулю.
Примеры, которые вы процитировали - это разные способы задать отношение (которое окажется отношением эквивалентности). Например, для параллельности: у нас есть множество

прямых, и есть отношение

на нём, причем

если

параллельно

.
Это определение некоторого конкретного множества.
Попытаюсь это проиллюстрировать. При этом будет затронут вопрос: что было сначала -- курица или яйцо?
Пусть мы имеем несколько прямых палок (множество

). Прежде всего (хотя это сопряжено с философскими размышлениями) мы решаем, что каждая палка параллельна себе. Затем замечаем, что если палка

параллельна палке

, то и палка

параллельна палке

. После этого замечаем еще и то, что если палка

параллельна палке

, а палка

параллельна палке

, то палка

параллельна палке

.
Обратите внимание, что пока еще не было речи ни о каком

.
Потом нам приходит в голову записать все, что мы заметили об отношении наших палок (которое является отношением эквивалентности, поскольку оно рефлексивно, симметрично и транзитивно -- все это мы заметили, экспериментируя с палками!), в квадратную таблицу, и только тогда появляется множество

, которое -- опять же как следствие эквивалентности отношения между нашими палками -- состоит из таких пар, что, проанализировав эту таблицу, мы решаем назвать его "отношением эквивалентности", то есть так же как отношение между палками. (Правда, отношением мы назвали его потому, что оно в самом деле является отношением между

и

.)
Мне кажется, надо отметить, что множество палок

, которое нам было дано, наделено структурой параллельности своих элементов (во всяком случае, каждый элемент параллелен самому себе). И я думаю, что не только в случаях отношений эквивалентности, но и вообще всегда, когда есть отношение на множестве, множество наделено какой-то структурой, и в соответствии с этой структурой можно составить таблицу

.
Хотя, конечно, можно сначала составить таблицу

, и тогда множество

будет наделено соответствующей структурой.
на одном и том же множестве могут задаваться разные отношение эквивалентности.
Возьмем множество

всех прямых на плоскости

. На нем можно задать, по крайней мере, два отношения эквивалентности:
1) отношение "лежать в плоскости

", по этому отношению все элементы

эквиваленты друг другу, при этом определен один-единственный класс эквивалентности, равный

;
2) отношение "быть параллельными между собой", по этому отношению множество

разбивается на бесконечное множество классов эквивалентности.