Никакой "природы" тут нет.
Я думаю, что природа все-таки есть (но надо уточнить, что понимается под природой -- об этом тремя строчками ниже): можно взять множество вообще, а можно взять конкретное множество, например, множество прямых на плоскости, множество натуральных чисел или множество непрерывных функций.
Это в некотором смысле то же самое как если мы возьмем три треугольника: деревянный, железный и пластмассовый. Каждый из них представляет собой воплощение "в презренной материи" одного и того же принципа треугольника.
Множество прямых на плоскости, множество натуральных чисел и множество непрерывных функций это не материальные, а математические объекты, тем не менее -- в некотором смысле -- все они представляют собой воплощение "в презренной материи" одного и того же принципа множества.
То есть под природой здесь (под "презренной материей") я понимаю конкретное воплощение общего принципа (частное проявление общего).
Также и отношение эквивалентности может быть отношением эквивалентности вообще, то есть подмножеством
![$R$ $R$](https://dxdy-02.korotkov.co.uk/f/1/e/4/1e438235ef9ec72fc51ac5025516017c82.png)
декартова квадрата
![$X\times X$ $X\times X$](https://dxdy-02.korotkov.co.uk/f/1/9/b/19b66e023ea8636ca7dbe78d6267042182.png)
со свойствами рефлексивности, симметричности и транзитивности, а может быть конкретным отношением эквивалентности, например, отношением параллельности или отношением сравнения по модулю.
Примеры, которые вы процитировали - это разные способы задать отношение (которое окажется отношением эквивалентности). Например, для параллельности: у нас есть множество
![$M$ $M$](https://dxdy-04.korotkov.co.uk/f/f/b/9/fb97d38bcc19230b0acd442e17db879c82.png)
прямых, и есть отношение
![$\|$ $\|$](https://dxdy-04.korotkov.co.uk/f/f/0/3/f038aa4c8a9e30761f5ec66d0a8be3e782.png)
на нём, причем
![$\langle a, b\rangle \in \|$ $\langle a, b\rangle \in \|$](https://dxdy-02.korotkov.co.uk/f/9/f/7/9f74c123cf20c398372afef2a78f513082.png)
если
![$a$ $a$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/4/4/b/44bc9d542a92714cac84e01cbbb7fd6182.png)
параллельно
![$b$ $b$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/4/b/d/4bdc8d9bcfb35e1c9bfb51fc69687dfc82.png)
.
Это определение некоторого конкретного множества.
Попытаюсь это проиллюстрировать. При этом будет затронут вопрос: что было сначала -- курица или яйцо?
Пусть мы имеем несколько прямых палок (множество
![$A$ $A$](https://dxdy-02.korotkov.co.uk/f/5/3/d/53d147e7f3fe6e47ee05b88b166bd3f682.png)
). Прежде всего (хотя это сопряжено с философскими размышлениями) мы решаем, что каждая палка параллельна себе. Затем замечаем, что если палка
![$a$ $a$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/4/4/b/44bc9d542a92714cac84e01cbbb7fd6182.png)
параллельна палке
![$b$ $b$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/4/b/d/4bdc8d9bcfb35e1c9bfb51fc69687dfc82.png)
, то и палка
![$b$ $b$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/4/b/d/4bdc8d9bcfb35e1c9bfb51fc69687dfc82.png)
параллельна палке
![$a$ $a$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/4/4/b/44bc9d542a92714cac84e01cbbb7fd6182.png)
. После этого замечаем еще и то, что если палка
![$a$ $a$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/4/4/b/44bc9d542a92714cac84e01cbbb7fd6182.png)
параллельна палке
![$b$ $b$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/4/b/d/4bdc8d9bcfb35e1c9bfb51fc69687dfc82.png)
, а палка
![$b$ $b$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/4/b/d/4bdc8d9bcfb35e1c9bfb51fc69687dfc82.png)
параллельна палке
![$c$ $c$](https://dxdy-04.korotkov.co.uk/f/3/e/1/3e18a4a28fdee1744e5e3f79d13b9ff682.png)
, то палка
![$a$ $a$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/4/4/b/44bc9d542a92714cac84e01cbbb7fd6182.png)
параллельна палке
![$c$ $c$](https://dxdy-04.korotkov.co.uk/f/3/e/1/3e18a4a28fdee1744e5e3f79d13b9ff682.png)
.
Обратите внимание, что пока еще не было речи ни о каком
![$R\subset A\times A$ $R\subset A\times A$](https://dxdy-02.korotkov.co.uk/f/5/7/3/573cd32aea67f432fadfa7451fa4e50082.png)
.
Потом нам приходит в голову записать все, что мы заметили об отношении наших палок (которое является отношением эквивалентности, поскольку оно рефлексивно, симметрично и транзитивно -- все это мы заметили, экспериментируя с палками!), в квадратную таблицу, и только тогда появляется множество
![$R\subset A\times A$ $R\subset A\times A$](https://dxdy-02.korotkov.co.uk/f/5/7/3/573cd32aea67f432fadfa7451fa4e50082.png)
, которое -- опять же как следствие эквивалентности отношения между нашими палками -- состоит из таких пар, что, проанализировав эту таблицу, мы решаем назвать его "отношением эквивалентности", то есть так же как отношение между палками. (Правда, отношением мы назвали его потому, что оно в самом деле является отношением между
![$A$ $A$](https://dxdy-02.korotkov.co.uk/f/5/3/d/53d147e7f3fe6e47ee05b88b166bd3f682.png)
и
![$A$ $A$](https://dxdy-02.korotkov.co.uk/f/5/3/d/53d147e7f3fe6e47ee05b88b166bd3f682.png)
.)
Мне кажется, надо отметить, что множество палок
![$A$ $A$](https://dxdy-02.korotkov.co.uk/f/5/3/d/53d147e7f3fe6e47ee05b88b166bd3f682.png)
, которое нам было дано, наделено структурой параллельности своих элементов (во всяком случае, каждый элемент параллелен самому себе). И я думаю, что не только в случаях отношений эквивалентности, но и вообще всегда, когда есть отношение на множестве, множество наделено какой-то структурой, и в соответствии с этой структурой можно составить таблицу
![$R$ $R$](https://dxdy-02.korotkov.co.uk/f/1/e/4/1e438235ef9ec72fc51ac5025516017c82.png)
.
Хотя, конечно, можно сначала составить таблицу
![$R$ $R$](https://dxdy-02.korotkov.co.uk/f/1/e/4/1e438235ef9ec72fc51ac5025516017c82.png)
, и тогда множество
![$A$ $A$](https://dxdy-02.korotkov.co.uk/f/5/3/d/53d147e7f3fe6e47ee05b88b166bd3f682.png)
будет наделено соответствующей структурой.
на одном и том же множестве могут задаваться разные отношение эквивалентности.
Возьмем множество
![$X$ $X$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/c/b/f/cbfb1b2a33b28eab8a3e59464768e81082.png)
всех прямых на плоскости
![$\alpha$ $\alpha$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/c/7/4/c745b9b57c145ec5577b82542b2df54682.png)
. На нем можно задать, по крайней мере, два отношения эквивалентности:
1) отношение "лежать в плоскости
![$\alpha$ $\alpha$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/c/7/4/c745b9b57c145ec5577b82542b2df54682.png)
", по этому отношению все элементы
![$X$ $X$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/c/b/f/cbfb1b2a33b28eab8a3e59464768e81082.png)
эквиваленты друг другу, при этом определен один-единственный класс эквивалентности, равный
![$X$ $X$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/c/b/f/cbfb1b2a33b28eab8a3e59464768e81082.png)
;
2) отношение "быть параллельными между собой", по этому отношению множество
![$X$ $X$](https://dxdy-01.korotkov.co.uk/f/c/b/f/cbfb1b2a33b28eab8a3e59464768e81082.png)
разбивается на бесконечное множество классов эквивалентности.