schoolboyЧитайте плиз внимательнее,
масса тела (без квантомеханических эффектов) равна сумме масс его частиц
.
То что вы пишите это чисто квантомеханический эффект, называется дефектом масс. Ни к СТО ни к температуре он отношения не имеет. Он приводит не к увеличению массы, о чем вы специально видимо забыли, а к уменьшению массы. Энергия связи между протонами и нейтронами приводит к уменьшению массы. Проще всего это пояснить тем что в системе появляется лишняя частица - пи-мезон, которая и уносит эту массу, но это чисто квантовая механика, потому что СТО вообще не рассматривает порождения, превращения и уничтожения частиц, у нее вообще нет такого понятия.