EUgeneUSДа, тут надо дополнить.
Потенциальная энергия системы в выбранных координатах учитывает работу всех сил. И сил инерции (которые появляются в нИСО) тоже. Поэтому

в общем случае дает сумму сил взаимодействия частиц и сил инерции. Первые не зависят от СК, а вторые - зависят. И поэтому

в разных нИСО дает разные суммарные силы, приложенные к частицам.
Т.е. в общем случае нельзя сказать, что к обеим частицам во всех СК приложены только равные и противоположные силы (т.е. только силы их взаимодействия), а работа приложенных сил получается разной только от разных перемещений этих частиц, которые соответствуют разным СК. Сами приложенные силы, т.е.

тоже зависят от СК через зависимость сил инерции от СК.
Даже в приведенном в начале обсуждения примере двух частиц нужно уточнить, в какой СК приведена эта кривая потенциальной энергии. Если в СК, связанной с центром масс частиц, то здесь только потенциальная энергия взаимодействия частиц, т.е.

дает силу, действующую на обе частицы в противоположных направлениях. А если в системе СК, связанной с первой частицей, то

дает силу, приложенную только ко второй частице, причем она будет вдвое больше, чем в предыдущем случае.