Коронавирус

[EUgeneUS]

realeugene в сообщении #1443224 писал(а):

Эта оценка не учитывает зависимость летальности от качества оказываемой медицинской помощи.

Есть медицинский факт - в Китае в очаге смертность больше, чем вне его.
Этот факт требует объяснения. Но имея ту информацию, какую имеем сейчас, можем только гадать.
Факторов, которые к этому могли бы привести - куча. Навскидку (частично повторюсь):

1. Генетически вирусы в очаге и вне его разные. Вирус подвергся отбору, и более успешно расползался менее патогенный вариант.
2. В очаге массово пропускали легкие и бессимптомные случаи, которые вне очага выявляются путем контроля эпид. цепочек.
3. Более низкое качество медицинской помощи в очаге. (Как понял, Вы имеете в виду качество поддерживающей терапии для тяжелобольных).
4. Распространение в больницах других ОРВИ и больничных инфекций, которые утяжеляют течение.
5. Пищевые пристрастия жителей Хубея. А чего? Нехватка витамина А резко ухудшает течение кори, например. Почему тут чего-то такого не может произойти?
6. БОльшая вирусная нагрузка при заражении в очаге, что предопределяет тяжесть течения болезни.
7. После начала эпидемии до введения жесткого карантина произошло бегство населения из Уханя (1-2 миллиона выехало, если не больше), что сместило возрастное распределение в сторону старших возрастов (наиболее уязвимая категория).
и т.д. и т.п.
Мое мнение, которое основывается на некоторых косвенных и прямых подтверждениях, что первые два пункта играли наибольшую роль. Но это всего лишь мнение дилетанта. Профессионалы без данных исследований чего-то утверждать не будут. А данных нет или их мало, чтобы делать более-менее точные выводы.

[realeugene]

EUgeneUS в сообщении #1443398 писал(а):

Этот факт требует объяснения.

Совсем не обязательно. Можно обратить внимание на процент тяжелых. Первоначально говорили про 25%, потом - про 20%. Очевидно, что без качественной медицинской помощи, например, без кислорода, не говоря уже о переливании плазмы крови от выздоровевших, значительная часть тяжелых станет мертвыми.

[vpb]

EUgeneUS
Фактор 1 --- это твердо установленный факт (в Ухане почти все больные --- более патогенный подтип вируса, а вне очага на него приходится лишь 60 %). Но я думаю, что роль фактора 2 Вы преувеличиваете, а 3 --- наоборот, преуменьшаете. Но какую-то медпомощь в Ухане больные все же получали (кажется, с течением времени туда 30 тыс. врачей свезли), а при всеобщей пандемии вообще никакой не будет.

[EUgeneUS]

realeugene в сообщении #1443423 писал(а):

Можно обратить внимание на процент тяжелых. Первоначально говорили про 25%, потом - про 20%. Очевидно, что без качественной медицинской помощи, например, без кислорода, не говоря уже о переливании плазмы крови от выздоровевших, значительная часть тяжелых станет мертвыми.

Во-1-х, не так-то просто "обратить внимание" на тяжелые случаи. На английской вики пытались вести таблицу с показателями по дням. Но её забросили, похоже удалили. А по серьезным случаям там был только показатель "текущее количество".
Во-2-х, совсем не обязательно, все тяжелые умрут.
В-3-х, плазму крови переболевших стали переливать относительно недавно, после прохождения пика. Так что, может это и спасет кого-то, хорошо если так, но на статистику значимо вряд ли повлияет.

-- 06.03.2020, 22:27 --

vpb в сообщении #1443425 писал(а):

Но я думаю, что роль фактора 2 Вы преувеличиваете

Посмотрите доклад ВОЗ, ссылку на который недавно дал уважаемый Dan B-Yallay.
Там есть эпид. кривая по очагу.Так вот, хоть сколько-то заметно бессимптномные случаи на ней видны только с недавнего времени, после пика. А значит ранее их просто не фиксировали.

vpb в сообщении #1443425 писал(а):

а 3 --- наоборот, преуменьшаете.

Имеем дело не со старой чумой, при которой без антибиотиков смертность до 90-100%, а с антибиотиками - единицы процентов (главное успеть их дать, пока пациент не умер).
А с новой вирусной инфекцией. Действующих лекарств нет. Эффективность поддерживающей терапии под большим вопросом.

[vpb]

Я упорствовать в своем мнении не буду, т.к. в конце концов надо смотреть на исследования специалистов. Но думаю, если предполагать 5 % и по этой причине разумно (без паники!) бояться, то в итоге будут меньше потери, чем если надеяться, что 0,5 -- 1,0 %, и на этой почве расслабиться и недооценить опасность.

[EUgeneUS]

vpb в сообщении #1443450 писал(а):

чем если надеяться, что 0,5 -- 1,0 %, и на этой почве расслабиться и недооценить опасность.

У американцев, оказывается, есть Индекс тяжести пандемии. Строится он очень просто: если патоген достаточно контагиозен, чтобы вызвать пандемию, то её тяжесть оценивается исключительно по уровню смертности.
Так вот.
До 0.1% - первый уровень. Сезонный грипп.
0.1-0.5% - второй уровень. Азиатский грипп конца 50-х, гонконгский грипп конца 60-х.
0.5 - 1% - третий уровень. Такого ещё не было. Но вот-вот может случиться.
Максимальный, пятый уровень - это 2% и выше. "Испанка".

А вы про 5% говорите.

[realeugene]

EUgeneUS в сообщении #1443455 писал(а):

Максимальный, пятый уровень - это 2% и выше. "Испанка".

А вы про 5% говорите.

Про испанку читал оценку, что она выкосила 5% тогдашнего населения Земли. При этом, испанкой переболели не все, и наиболее смертоносной была её вторая волна, когда в некоторых местах умирали целыми семьями, и поселения опустошались.

[realeugene]

EUgeneUS в сообщении #1443435 писал(а):

В-3-х, плазму крови переболевших стали переливать относительно недавно, после прохождения пика. Так что, может это и спасет кого-то, хорошо если так, но на статистику значимо вряд ли повлияет.

Мне кажется, что статистика по Китаю утонет в мировой статистике.

[EUgeneUS]

realeugene

Про испанку. Оценки умерших очень разные, из англо-вики:

Цитата:

It is estimated that one third of the global population was infected.[2], and the World Health Organization estimates that 2–3% of those who were infected died (case-fatality ratio).[52] Estimates vary as to the total number who died. An estimate from 1991 says it killed 25–39 million people.[53] A 2005 estimate put the death toll at probably 50 million (less than 3% of the global population), and possibly as high as 100 million (more than 5%).[54][55] But a reassessment in 2018 estimated the total to be only about 17 million,[3] though this has been contested.[56] With a world population of 1800 to 1900 million,[57] these estimates correspond to between 1 and 6 percent of the population.

Также очень разные оценки смертности по регионам\странам.

Если посмотреть на США, то

Цитата:

In the U.S., about 28% of the population of 105 million became infected, and 500,000 to 675,000 died (0.48 to 0.64 percent of the population).[75] Native American tribes were particularly hard hit. In the Four Corners area, there were 3,293 registered deaths among Native Americans.[76] Entire Inuit and Alaskan Native village communities died in Alaska.[77]

Смертность в США получается от 1.7 до 2.3 процента (среди от заболевших).

-- 08.03.2020, 10:49 --

realeugene в сообщении #1443734 писал(а):

Мне кажется, что статистика по Китаю утонет в мировой статистике.

Возможно.
Но на данный момент, только по Китаю собрана более-менее большая статистика. Впрочем, Европа догоняет Китай галопом.

Кстати, уже два дня подряд в Китае, включая очаг, меньше 100 случаев за день.
А вот количество умерших за день уже давно "болтается" около 30 случаев, и падает существенно медленнее, чем можно было ожидать по эпид. кривой новых случаев в день.
Оценка смертности, как "количество умерших в день делить на количество новых случаев вдень 8 дней назад" уже давно поломалась...
Похоже, что сейчас умирают люди, заразившиеся довольно давно, существенно более недели назад, которым поддерживающая терапия продлила жизнь. Очень не на много, к сожалению.

[EUgeneUS]

Очередные заметки от анонимного вирусолога с большим стажем.
Большая часть посвящена перспективам разработки вакцины.
В плане сравнения с гриппом приведены данные по текущему сезону в США:

Цитата:

Для примера: в сезон 2019/2020 от гриппа в США умерло 16000 человек, из которых 105 детей, а всего заболело 29 миллионов человек (данные на 28 февраля 2020).

Вот и очередные оценки смертности "от обычного гриппа": $0.055$ процента, для сравнения с $0.9$ процента - оптимистичным оценкам для COVID-19.

Кстати про США. Довольно свежая и тревожная статья про тестирование в США.
Если посмотреть на статистику по штатам, то увидим, что подавляющее большинство смертей ($17$) приходится на штат Вашингтон, при $102$ выявленных случаях там. И это указывает на большие проблемы.

Интересные (IMHO) наблюдения по Южной Корее. На сейчас данные такие: подтвержденных случаев $7041$, умерших - $49$. Коэффициент смертности - примерно $0.6$ процента.
А вот какая там сложилась эпид. кривая:

Данные за последние 6 дней позволяют надеяться, что ситуация там берется под контроль.
Что в очередной раз показывает, что показатель смертности является хорошим индикатором уровня выявления инфицированных.

[Dmitriy40]

Не помню была ли точная информация сколько времени держат в карантине (до повторного теста и выписывания выздоровевших), 10 дней или 14? Просто по моему для продолжающейся эпидемии более адекватно было бы брать смертность не $D/C$ и даже не $D/(D+R)$, а $D_{-10}/(D_{-10}+R)$ (т.е. количество умерших на одну дату с выздоровевшими). Если взять конкретно Южную Корею, то 10 дней назад (точнее 27 февраля) умерших было $12$ при $130$ выздоровевших и выписанных на сегодня, что даёт смертность $12/(12+130)\approx 8.5\%$. Пожалуй завышено, для 14 дней смертность уже $8/(8+130)\approx 5.8\%$, что очевидно ближе к истине (по Китаю в среднем $5.1\%$, по Хубею отдельно $6.2\%$). Ни о каких $\approx 1\%$ речи не идёт и близко, это или погрешность статистики при слишком малых цифрах (кое-где смертность и ровно $0\%$ при сотнях случаев заражения), или некорректная оценка развивающейся эпидемии. Но в любом случае смертность $1\%$ необоснованно слишком оптимистична.

[EUgeneUS]

Dmitriy40
Смотрим самый последний (из имеющихся сейчас) бюллетень от китайцев.

И видим:
1. Хубей:
Умерло - $2986$
Всего заболело - $67707$
Уже вылечено - $45011$

$D/C = 4.4\%$
$D/(R+D) = 6.2\%$
По моим оценкам $D(d)/C(d-8) = 4.48\%$, с некоторой тенденцией к росту в последние дни.

2. Вне Хубей (надо вычесть из данных по всему Китаю данные по Хубею)
Умерло - $111$
Всего заболело - $12988$
Уже вылечено - $12054$
$D/C = 0.85\%$
$D/(R+D) = 0.91\%$
По моим оценкам $D(d)/C(d-8) = 0.86\%$, с колебаниями во втором знаке после запятой туда-сюда в последние дни.

Как видим
1. Вне очага "вилка" между $D/C$ и $D/R$ почти сошлась, и более одного процента уже не будет.
2. В очаге "вилка" пока больше, но выше $6.6\%$ уже не будет. Ни о каких $8.5\%$ речи быть не может.
3. Показатели в очаге и вне очага уже не сойдутся никогда. А значит возникает вопрос - для прогнозирования смертности в других местах какой из них брать более адекватно? ИМХО - надо брать показатель вне очага.

-- 08.03.2020, 21:29 --

Ужасные новости пришли из Италии: за день количество умерших увеличилось на $133$
Напомню, за всё время эпидемии в Китае большее количество умерших в день было только пять дней.

[Xugin]

США, Испания, Франция, что-то слишком много для кластерных.

[NikolayPrimachenko]

Vladimir-80 в сообщении #1443245 писал(а):

Потому что этот вирус - не опасней обычного гриппа. <...> Этот же вирус едва-едва отличается по показателям от обычного гриппа. А приплюсуйте к статистике тех заболевших, которые сидят по домам с температурой 37, лечатся аспирином и куриным бульоном, в больницы не обращаются и не попадают ни в какую статистику - и вы получите ничем не примечательные показатели.

По гриппу тоже далеко не все в статистику попадают. Было исследование, что среди непривитых каждый сезон болеет гриппом один из пяти. Из четырёх заболевших один переносит бессимптомно, двое --- с лёгкими симптомами, они не обращаются к врачу, один идет в больницу. Искать ссылку сейчас лень, но если надо, найду. По старшим возрастам смертность у нового вируса существенно выше гриппа. Это невооруженным глазом видно. Сейчас в Европе особенно заметно. В Китае старики --- это каждый десятый, в Европе --- каждый пятый. (Это навскидку, точные цифры по демографии не смотрел.)

Dmitriy40 в сообщении #1442952 писал(а):

Интересная новость: разная заразность со смертностью в Ухане и вне может быть вызвана не только эволюцией вируса, но и разделением его на два подвида.

Это, вероятно, не подтвердится: Response to “On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2”

EUgeneUS в сообщении #1443788 писал(а):

Очередные заметки от анонимного вирусолога с большим стажем.
Большая часть посвящена перспективам разработки вакцины.

Я заметки это анонимного вирусолога ещё не читал, но читал 3 статьи о вакцинах от SARS. Если кратко, то там столкнулись с проблемой --- вакцина увеличивала число тяжёлых случаев (у подопытной живности). Связано это с тем, что коронавирусы хитро взаимодействуют с иммунной системой. Фактически, тяжелые случаи --- это что-то похожее на очень сильную аллергическую реакцию. Проблема в том, что вакцина увеличивает вероятность иммунной гиперреакции. Происходит то же, что и у аллергиков: при первом контакте с аллергеном реакции может не быть, а при последующих она может быть очень сильной. С этим, возможно, связно, почему у детей уханьский коронавирус протекает легко: взрослые уже переболели другими эндемичными коронавирусами.

Li Liu et al. в Anti–spike IgG causes severe acute lung injury by skewing macrophage responses during acute SARS-CoV infection писал(а):

The low rate of ALI [acute lung injury] and interval between lung inflammation resolution and antibody production, however, makes Chinese macaques an ideal animal model for the present study. Using vaccination and passive immunization, we conditioned anti-S antibody titers in macaques during the early stage of infection when ALI was not typically observed. We found that prior administration of anti–S-IgG led to massive accumulation of monocytes/macrophages in the lungs within 2 dpi. This result is consistent with previous reports, in which mice given the SARS vaccine exhibited an immunopathologic lung reaction after the subsequent challenge with SARS-CoV (18, 19). Moreover, in SARS patients, clinical course and outcome are more favorable in children younger than 12 years of age compared with adolescents and adults (44), indicating that prior alternative CoV infection might play a role in driving enhanced pulmonary inflammation. A recent study reported that pathogenic immune complexes promoted lung injury during the 2009 H1N1 pandemic (16). It remains unknown whether immune complexes may also play a role in driving ALI during SARS-CoV infection.

То есть с вакциной могут быть и такие проблемы, как с вакциной от SARS. Но, может быть, подберут какие-то лекарства, которые смогут гасить гиперреакцию, не сильно "отключая" иммунитет. В Китае, например, пробовали актемру, но что из этого получилось, неизвестно.

EUgeneUS в сообщении #1443788 писал(а):

Если посмотреть на статистику по штатам, то увидим, что подавляющее большинство смертей ($17$) приходится на штат Вашингтон, при $102$ выявленных случаях там. И это указывает на большие проблемы.

Скорее всего, зараза в этом штате ходит с середины января:

Genomic analysis of COVID-19 spread. Situation report 2020-03-05. писал(а):

Genetic sequence data supports the hypothesis of undetected, sustained spread of COVID-19 in the greater Seattle area since mid-January

Dmitriy40 в сообщении #1443795 писал(а):

Но в любом случае смертность $1\%$ необоснованно слишком оптимистична.

Да, есть большие пессимисты:

NYTimes от 7 марта в How Deadly Is Coronavirus? What We Know and What We Don’t писал(а):

Justin Lessler, an epidemiologist at Johns Hopkins, was part of a team of scientists who studied a group of Covid-19 cases in Shenzhen, China. He found that most people who died had been sick for longer than 30 days.“Think of when all the cases outside of Hubei have occurred,” he said of the province whose capital is Wuhan. “If it’s 30 days or even two weeks, we’re really at the tip of the iceberg.”

[PETIKANTROP]

NikolayPrimachenko в сообщении #1443994 писал(а):

Связано это с тем, что коронавирусы хитро взаимодействуют с иммунной системой. Фактически, тяжелые случаи --- это что-то похожее на очень сильную аллергическую реакцию. Проблема в том, что вакцина увеличивает вероятность иммунной гиперреакции. Происходит то же, что и у аллергиков: при первом контакте с аллергеном реакции может не быть, а при последующих она может быть очень сильной. С этим, возможно, связно, почему у детей уханьский коронавирус протекает легко: взрослые уже переболели другими эндемичными коронавирусами.

Интересная корреляция. Можно ли её совместить с зависимостью смертности от пола и наличия сопутствующих заболеваний (ССН, сахарного диабета )? Например, от возрастного снижения тестостерона у мужчин, провоцирующего тимическую активность, от фазы менструального цикла (соотношения количества эстрогена/прогестерона), менопаузы, беременности, дисбаланса лептино-грелиновой системы?