А среднее количества потомства больше у магов или у маглов? Казалось бы, магам должно быть проще находить больше половых партнёров, используя свою магическую силу. Если, конечно, у них нет внешних особенностей, отталкивающих от них маглов (например, у них всех не воняет изо рта). И тогда магический ген должен победить в результате естественного отбора. Но, может быть, магический ген в качестве побочного результата снижает плодовитость, или же маги чаще погибают, не достигнув половозрелого возраста? Что, кстати, вполне правдоподобно, учитывая популярные у них детские игры.
Модель в HPMoR достаточно правдоподобна, единственное, что она не объясняет - это то, что у двух чистокровных магов тоже иногда рождаются маглы. В оригинальном ГП вроде бы такое было, но очень редко.
Объяснить это можно в частности тем, что чистокровные маги могли оказаться не очень-то чистокровными.То, что магические гены не распространяются по популяции, объясняется тем, что как только у маглов рождается ребенок-маг, его забирают учиться в Хогвартс, а потом ему уже не очень-то интересно возвращаться в мир маглов, таким образом дрейф генов сильно ограничивается культурными установками. То есть в гости к родителям и родственникам маг ездит, а вот пару ищет уже среди магов. Изредка маги все-таки находят себе пару "на стороне", поэтому поток генов не перекрывается полностью.
Другой культурной установкой (существовавшей в оригинальной истории) был натуральный расизм.
Чистокровные (гомозиготные) маги считали себя практически "высшей расой" и свысока поглядывали на магов-полукровок. А обычных людей вообще за людей не считали. Браки, как вы понимаете, тоже не поощрялись. К тому же они обладали властью и влиянием. То есть натуральная селекция.
UPD. Ерунду повычеркивал.