Зачем мы это интегрируем, как мы это интегрируем
Вы ведь понимаете, что между "зачем интегрируем" и "как интегрируем" большая разница? Первое - это вопрос идеологический, то, о чём Вы говорите как о понятном интуитивно. Значит, уровень понимания всё-таки не тот. Второе - вопрос обычно чисто технический. Тут всё упирается в математическую сторону дела. Учитывая повсеместно встречающееся рассогласование математической и физической программ на первых курсах, штука неудивительная.
Чтобы начать с математики, теория + задачки на закрепление.
Да, тут Вы правы: книг огромное количество можно посоветовать - и, нужно полагать, что мои рекомендации не останутся единственными (вот люди проснутся завтра - и накидают). Но это и хорошо. Есть выбор - можно подобрать персонально под себя. Нет книги, которая бы подходила абсолютно всем и в которой было бы написано всё - увы. По теории попробуйте "Лекции по высшей математике" А.Д. Мышкиса (у него есть и продолжение "Математика для учащихся ВТУЗов" - но это уже не для первого курса - хотя бы для второго) в сочетании с классическим "Курсом дифференциального и интегрального исчисления" Г.М. Фихтенгольца. Первая книга - это больше объяснений "на пальцах". Вторая книга - хороший такой трёхтомный курс математического анализа. Что важно - с большим количеством примеров. Но если Вы их будете просто читать, то мало чему научитесь. Поэтому практика, практика и ещё раз практика. Для этого нужны задачи с семинаров, а если их не хватает, или Вам кажется, что в задачах присутствует качественный скачок - берёте задачник, скажем, Б.П. Демидовича - и вперёд. С вопросами можно (и нужно) обращаться сюда.
И параллельно эти же математические приемы в задачах по физике.
С этим сложнее. Обычно серьёзные математические методы требуются в задачах теоретической физики. В общей физике достаточно довольно простых приёмов, которые можно изучить в обозримый, не слишком большой промежуток времени. Важнее другое - то, что Вы в начале сказали: откуда и почему берётся та или иная формула, почему она строится именно так и т.д. Такие вопросы говорят о том, что вещи, которые Вы сочли простыми, не были Вами продуманы в должной степени, или Вы их плохо применяете. Пожалуй, я бы сначала хотел узнать, по какому учебнику Вы учитесь. Но с рекомендацией
Pphantom по поводу Фейнмана я соглашусь.