Почему следует думать, что функция Гамильтона

не зависит от времени?
То что я тут вещаю ни в коем случае не должно рассматриваться как строгое доказательство. С другой стороны, IMHO, это удобное правдоподобное рассуждение, которое помогло мне лет сорок назад получить иллюзию понимания подноготной уравнения Гамильтона-Якоби.
Итак, пусть у нас "чистая" система без трения. Тогда от того, что я добавлю к функции Гамильтона

любую функцию

зависящую от времени, но не зависящую от канонических переменных, уравнения движения не изменятся. Т.е.

определена с точностью до произвольной функции

и если у меня получилось

то с тем же успехом я могу написать

Можно посмотреть на это с другой стороны. Есть уравнение

Вместо него напишем

Тогда

где

- решение уравнения с нулевой правой частью. Если на

смотреть как на производящую функцию, то от добавления к ней функции, зависящей только от времени ничего не меняется, поскольку интересуемся мы только производными этой функции по каноническим переменным. С третьей точки зрения, добавляя к

функцию времени мы добавили к действию

полный дифференциал.
IMHO, на таком языке магические пассы с уравнением Гамильтона-Якоби становятся прозрачнее. Мы ищем производящую функцию, зависящую от

старых и

новых координат. Новые координаты - константы, отсюда таинственный полный интеграл. Производные по новым координатам это новые импульсы, которые тоже константы. Отсюда таинственное приравнивание производных другим константам. Есть еще сюжет, упомянутый уважаемым
pogulyat_vyshel, связанный с тем, что уравнениями характеристик уравнения Гамильтона-Якоби будут (в рассматриваемом примитивном случае) уравнения Гамильтона, но тут я и так много наговорил.