По идее, конечно, надо самому взять всё и разобрать, но как-то лень…
Я случайно попал на этот вопрос и глянул в англо-вики страницы про производные по Фреше, по Гато и общую страницу по функциональным производным. Исторически термин "вариация" тянется от прошлых времён (Курант -- Гильберт, например) и, возможно, сколько-то поддерживается авторитетом великих. Не думаю, что тут есть куда глубоко копать.
Англовики предпочитает термин "производная" и упоминает "вариацию" преимущественно в историческом контексте. Правда, некоторые авторы пытаются играть терминами, различая вариацию, дифференциал, производную в зависимости от требований на линейность / непрерывность и т.п. Но не похоже, чтобы эта тенденция была устоявшейся.