Пусть есть система,находящаяся в состоянии с определенным моментом импульса(волновая функция-собственная функция соответствующего оператора). Вводя сферические координаты можно получить, что эта фунция является сферической функцией. Кроме того эта функция будет являться собственной функцией для проекции момента на ось z, т.о. на ось z проекция импульса тоже принимает определенное значение. Но сделав циклическую перестановку координат,можно видеть, что проекция на другую ось будет принимать определенное значение.
Мне кажется, что в своих рассуждениях Вы упускаете 2 вещи:
1) Если у вас задано определённое значение проекции на конкретную ось, то направление этой оси выделено в системе, оси уже не равноправны и просто написав другой индекс у оператора проекции момента мы не получим правильное решение. Как Вам отвечали в самом начале, замена координат изменит вид и волновой функции, и операторов, и исходного дифференциального уравнения.
2) Состояние физической системы не зависит от того, какую систему координат используете для её описания - декартову или сферическую, не зависит от того, какими символами обозначаете оси.
Как бы вы не играли с обозначениями, физически направление оси, значение проекции момента импульса на которую имеет определённое значение, не изменится.