Фотон уже излучен молекулой, а требуется только разобраться с распространением.
Тут такая штука. Фотон - собственное состояние оператора числа фотонов. В вакууме такой оператор коммутирует с гамильтонианом электромагнитного поля. В среде излученный фотон может благополучно поглотиться, поэтому число фотонов не сохраняется. В нулевом приближении гамильтониан фотонов в среде можно символически записать как

. Два последних члена - поглощение и излучение фотонов средой. Произведя преобразование Боголюбова, можно диагонализовать этот гамильтониан, вводя новые операторы

. Операторы

"перемешивают" состояния среды и электромагнитного излучения, и то, что распространяется в среде нельзя разделить на фотон и возбуждение атома (наивная модель поглощающегося и излучаемого фотона на самом деле - этот переход). Это на пальцах попытка объяснения того, что излучение макроскопического объекта, даже ушедшее в вакуум, как правило, плохо описывается на языке фотонов. Такое излучение - сумма бесконечного числа фотонов (что-то вроде когерентного состояния), поскольку фотон не является собственным состоянием излучателя. Для единичного атома (молекулы) в вакууме можно получить состояние с заданным числом фотонов.