Ну так этого почти достаточно для применения условий Эккарта (Эккарта-Сейвица). Колебания от вращений вообще-то отделяются весьма плохо (в общем случае вообще не отделяются), и в случае когда колебания весьма малы, эти условия собственно реализуют минимизацию колебательно-вразщательного взаимодействия. Они заключаются в следующем:
1. очевидно, отделить ц.м. Очевидно, что
. Посчитать это не сложно
2. у Вас осталось разделить вращение и колебания, которые как раз не делятся. Поэтому берете референсную геометрию (логично, что это равновесная геометрия, т.е. отвечающая наименьшей энергии), ну или хотя бы положения атомов в начальный момент времени. Пусть эта геометрия задана векторами
, причем
. Отделим и для рассматриваемой конфигурации траектории ц.м. для координат получив набор векторов
. Тогда Вы ориентируете систему координат для этих векторов так, чтобы
, где
-- положения атомов в финальной системе координат. Найти матрицу преобразования, переводящую
в
можно например из системы линейных уравнений, получаемой из вышестоящего условия. Код с LAPACK-ом каким-нть на чем угодно пишется по-идее весьма просто.
Ну и соответственно,
, а это -- простое линейное уравнение на компоненты
.
А вообще численный пример с подробным разбором (как раз для молекулки воды) можно найти в Банкере-Йенсене (Симметрия молекул и спектроскопия).