Почему скобки оставлены пустые? Над какими элементами выполняются эти операции?
К

, единственному элементу нулевой декартовой степени чего угодно. Я их поставил (так и думал, что зря!) просто для симметрии (или от нечего делать — развлекаюсь как могу) с операциями остальных арностей, а так их обычно опускают и отождествляют с константами. (И, вроде, это уже здесь звучало.)
Что вы обозначаете как
![$i[o, e, n, p]$ $i[o, e, n, p]$](https://dxdy-02.korotkov.co.uk/f/1/6/4/1644bb00e63d63e3a89604aac1a2490182.png)
?
наименьшее множество
![$i[\mathcal O]$ $i[\mathcal O]$](https://dxdy-03.korotkov.co.uk/f/6/6/c/66ce441e0ec8277c415647d0f07f572782.png)
, замкнутое относительно набора каких-то операций (и констант — как нульместных операций)

Собсвенно, я же приводил конкретный пример подобного множества, т. к. вы сказали, что в общем не понятно. Вообще, не знаю, может быть, упоминание явной конструкции с объединениями спасёт дело?
![$i[\mathcal O] = \bigcup_{n\in\mathbb N} A_n$ $i[\mathcal O] = \bigcup_{n\in\mathbb N} A_n$](https://dxdy-04.korotkov.co.uk/f/b/d/8/bd81a6f1a127c4376d55c393355035c782.png)
, где

,

. Можете угадать, при чём здесь соответствующая

.
Что такое уровень

?
Множество уровня

функции

— это прообраз

этого

. Стандартная терминология.

На чём? Несколько множеств на множестве?
«На нём» относится к

, т. к. мы могли бы определить другую функцию, подобную

, на другом индуктивно определённом множестве — в конце концов, в общем определении я её назвал тоже

, и был бы смысл называть её вместо этого

, неудачно подобрал слова. Короче, это означало, что рассматриваются именно множества уровня именно той конкретной функции

.
Я увидел, что мое определение модели не подойдет для системы аксиом 1-5. К примеру аксиома (3)

не содержит связанных переменных.
Есть ещё соглашение интерпретировать такие формулы как замкнутые, полученные дописыванием вокруг них

для каждой свободной

. Или, эквивалентно, это понимается как синтаксический сахар для такой замкнутой формулы, а интерпретация не доопределяется. Обычно слово об этом встречается в основном тексте — надеюсь, вы всё же стараетесь читать без пропусков.