Вопрос такой: если указано в коде, что это "Unix version", то означает ли это что в Windows у меня не получится выполнить поставленную задачу?
Большие шансы, что да. Возможно, придётся переделывать часть кода и часть инфраструктуры (Makefile-ы, например). Насколько большую - абстрактно сказать нельзя, от 0,1 % до 99 %.
Как вообще производится совместная компиляция и окончательная сборка готового исполняемого файла??
Это в документации к вашему компилятору подробно рассказано (Compaq Visual Fortran, как я понял).