Давайте расставим приоритеты.
1. Меняя число протонов в ядре, мы меняем химический элемент.
При этом меняется и число электронов.
2. Меняя число нейтронов в ядре, не трогая протоны, мы в пределах
одного и того же химического элемента меняем его разновидность -
получаем изотопы.
Это всё в пределах атома.
3. Комбинируя атомы, мы получаем различные соединения -

4. Меняя расположение атомов в молекуле, не изменяя состава, - пусть
скажут химики. По-моему, тоже могут быть разные соединения,
особенно в органической химии.