Тут, на мой взгляд, неоднозначный момент: если построить графики

,

и

, то эти графики полностью наложатся друг на друга, то есть при одинаковых численных значениях этих разных переменных значения функции будут равны.
То есть можно сказать, что:
1.

, если

, то есть при разных значениях разных переменных;
2.

, если

, то есть при одинаковых значениях разных переменных.
Боюсь, что вас запутали. Попытаюсь распутать :)
Неопределенный интеграл - это семейство функций (отличающихся на константу), то есть
это множество, элементами которого являются функции. И какое бы обозначение для переменной интегрирования в неопределенном интеграле мы не использовали, результатом будет одно и то же множество, состоящее из одних и тех же функций. Что такое функция? Это тройка объектов - область определения, область значений, и правило, по которому каждому элементу из области определения сопоставляется какой-то (один) элемент из области значений. Две функции считаются равными, если соответствующие объекты для них совпадают. Обращаю внимание, что в определении функции неважно, какую букву мы будем использовать для обозначения переменной, это все равно будет одна и та же функция.
У вас абсолютно правильная мысль про графики - если у двух функций графики совпадают, то это одна и та же функция, и неважно, какое обозначение переменой используется.
Отмечу ещё, что нужно различать функцию и значение функции в точке - это разные вещи. Если речь идет о равенстве функций, то неважно, какой буквой обозначается переменная. Но если мы говорим о равенстве значений функций в точке, то, понятно,

и

- это не одно то же.