Но если рассматривать два объекта, то ускорение, как вторая производная расстояния, не зависит от выбора СО.
Понять можно, что тут имелось в виду, но изложение некорректное. Ускорение - это
не вторая производная от расстояния. А первая производная от скорости или вторая производная от радиус-вектора.
Скорее всего, подразумевалось, что ускорение относительно, и как раз-то зависит от выбора СО.
Это так с "точки зрения" кинематики. Но кинематика не вся физика, и даже не вся механика.
А с точки зрения динамики имеется первый закон Ньютона. Который можно сформулировать так:
существует инерциальная система отсчета, в которой если на материальную точку не действует никакие силы ... (и далее по тексту).
Легко показать, что если существует одна ИСО, то существует целый класс ИСО. А все другие СО, соответственно, тоже существуют, но не являются ИСО.
В СТО всё тоже самое. В ОТО сложнее.