Такую фразу лучше даже не начинать произносить.
Справедливости ради, Вы сами такие фразы тоже иногда произносите - и, видимо, определённый смысл в них всё же есть, просто их очень любят авторы книг низкого качества.
К сожалению, изучение множества конкретных примеров в истории науки показывает, что ничего в этом преднаучном этапе (который я согласен называть философией, подчёркивая, что речь идёт о философии в современном понимании смысла этого слова, и не пойдёт огульного приписывания к философии многочисленных научных достижений от античности до Нового времени, которые по тогдашней терминологии философией назывались), повторяю, ничего в этом преднаучном этапе не готовится. Каждый раз одновременно происходят такие события, как: выработка научного метода для конкретной предметной области; выделение и осознание этой предметной области как части окружающего мира, пригодной и поддающейся научному исследованию; формулировка онтологии этой области, и формулировка исследовательских вопросов и задач; возникновение деятельности по научному исследованию этой области, и тем самым переход от преднаучного к научному этапу познания. Разумеется, эти события зачастую растянуты на длительное время, однако всё равно оно мало по сравнению и с длительностью преднаучного, и с длительностью научного этапа познания (кроме самых молодых областей, об оформленности которых в самостоятельные науки нельзя говорить ещё определённо).
Вся эта наивная "философия" не выдерживает столкновения с физической реальностью. Физика давно уже, с самого начала 20 века, обнаружила, что мир нельзя описать как субстанции и отношения. Необходимо вводить новые, более сложные понятия, и система этих более сложных понятий не может быть спроецирована на старые "субстанции и отношения" без существенной потери смысла.
Для примера: необходимо различать онтологические статусы относительных и инвариантных физических величин, наблюдаемых, волновых функций (векторов состояния, амплитуд вероятности), калибровок, затравочных и перенормированных параметров, различных расходимостей, симметрий и их нарушенного состояния, аномалий. Всё это в философию 18-19 века, высосанную из пальца без фактического изучения природы, никак не укладывается.
Если нельзя верить ни Пенроузу, ни философам, "застрявшим в 18-19 веке" - то есть ли какая-нибудь литература о подобных "околофилософских" аспектах науки - в т.ч. о процитированном здесь (особенно во второй цитате) - которой можно доверять?
Или каких-то отдельных и качественных книг по этим вопросам нет?