Эти файлы в большинстве случаев исчезали после перезагрузки.
Такого у меня не припомню.
удаляю пустую папку, а система мне говорит, что папка непустая!
А вот такое бывало, но тут можно хотя бы понять, почему подобное возможно: скажем, если папка открыта в какой-нибудь программе, то система её охотно вычистит, но удалять её саму откажется, пока программа не закрыта. А о том, что она была открыта, пользователь запросто мог и забыть.
В этой связи -- в моём случае вызывает недоумение вот ещё что. Я вообще-то изначально пытался удалить не конкретно этот файл, а папку, в которой он лежал, причём довольно глубоко (в папке было гигабайта четыре и с десяток уровней вложенности, и тот файл лежал где-то на четвёртом-пятом). Это я уж потом на него вышел, когда поудалял вручную все подпапки, которые она всё-таки соглашалась удалять. Обычно при попытке удаления папки если на каком-то файле (или подпапке) происходит сбой, то всё, что встречалось до этого, всё-таки удаляется. А она не удалила из неё вообще ничего, даже те подпапки, которые не имели к этому файлу никакого отношения!
Конечно, можно предположить, что все подпапки, содержащие этот файл, оказались первыми на своём уровне вложенности. Однако там подпапок было несколько тысяч, так что это как-то крайне маловероятно.