Как изгибается ДНК?

[Gilgamesh]

(Я эту тему раньше открыл на другом форум, но никто не ответил, надеюсь что тут получу ответ)

Всем известно что молекула ДНК может быть в кольцевом форме, пример тому-плазмиды. Мне бы хотелось знать как изгибается ДНК, что именно там изменяется, какие расстояние между атомами. Меня побудило искать ответ на этот вопрос вот этот статья:
TATA-Binding Protein
Там описано как белок изгибает ДНК в определенном участке, там где TATA последовательность нуклеотидов. Раз A-T пары соединены двумя водородным связями а G-C тремя то наверно это фраза в том статье:

Цитата:

The combination of the unusual flexibility of TATA DNA sequences

и в частности unusual flexibility означает что если у ДНК есть TATA последовательность то тогда его изгибать легче. Вот и хочу как изгибается это молекула. С самого начала он такой:

Пары нуклеотидов совсем по-разному могут быть положены к осью изгибы, вот например A-T пара может так изгибаться, точнее просто перевернуться, и изгиба для этой пари по существу и не будет:

А вот что будет, если эта пара на 90 градусов будет повернут от предыдущей относительно оси изгиба:

Тут на правом части рисунка половина азотистого основания (Тимин) повернута к Аденину на определенный угол.
Короче говоря я хочу знать как в кольцевой ДНК изогнута это молекула, какие связи (водородные или ковалентные) изменяются при этом, как именно они деформируются и так далее.
Спасибо всем кто прочитал этот пост до конца, надеюсь на ваш ответ

[dan14444]

Для конкретики - берёте прогу с молмехом и развлекаетесь. По ТАТА - кинк ДНК ессно нарушает двойную спираль, и в большинстве случаев это сделать проще там, где она увязана 2 водородными, а не тремя. :)

В плазмидах и т.д. радиус слишком велик для заметности эффектов.

В хроматине - гистоны меняют всё, на то они и придуманы. Так что не мучьте коня в вакууме :)

[Munin]

Зачем вообще пары нуклеотидов изгибать? Металлическая лента в виде геликоиды легко гнётся поперёк себя.

[dan14444]

А.... Э... Гм... Изгибы бывают разные, нк - не металлическая лента, чтобы что-то даже просто считать - спиральку уже надо расплесть (и ессно погнуть)... Там сотни причин для только для кинков, чесслово! :) И минимум десятки механизмов.

Не говоря, что упаковка не только двойной спиралью бывает, но это так, к слову... :)

[Munin]

dan14444 в сообщении #768159 писал(а):

нк - не металлическая лента

Да, но это просто позволяет ей гнуться и так, и иначе.

[Gilgamesh]

dan14444

Цитата:

Для конкретики - берёте прогу с молмехом и развлекаетесь

А что это за программа? Откуда его скачать?

Цитата:

По ТАТА - кинк ДНК ессно нарушает двойную спираль, и в большинстве случаев это сделать проще там, где она увязана 2 водородными, а не тремя. :)

«Нарушает», то есть там это две водородные связи разрушены? Или азотистые пари просто повернуты относительно друг-другу?

Цитата:

В хроматине - гистоны меняют всё

Ну ведь они там тоже изгибают ДНК, верно?

[dan14444]

Gilgamesh в сообщении #768633 писал(а):

А что это за программа? Откуда его скачать?

Тыщщи их - гугл в помощь по "молекулярной механике". Я лет 15 не интересовался.

Gilgamesh в сообщении #768633 писал(а):

«Нарушает», то есть там это две водородные связи разрушены?

Иногда просто искажены, чаще заменены на что-то (вода, белки и т.д.). Насчёт "разрушены" - оно ж не в вакууме, за что-то да ухватится. Да и не только водородными жива Русь спираль!

Gilgamesh в сообщении #768633 писал(а):

Ну ведь они там тоже изгибают ДНК, верно?

Ессно. Причем ДНК это нравится, Гиббс в минусе :)

[Vladimirkox]

Как-то так...
http://polit.ru/article/2013/04/10/nechaev/

Хотя, наличие нуклеосом, идеальную гибкость и идеальную скользкость, ставит под большие вопросы. Особенно, при эпигенетической модификации гистонов и метилировании цитозина.