2014 dxdy logo

Научный форум dxdy

Математика, Физика, Computer Science, Machine Learning, LaTeX, Механика и Техника, Химия,
Биология и Медицина, Экономика и Финансовая Математика, Гуманитарные науки




 
 Как изгибается ДНК?
Сообщение24.09.2013, 23:29 
Аватара пользователя
(Я эту тему раньше открыл на другом форум, но никто не ответил, надеюсь что тут получу ответ)

Всем известно что молекула ДНК может быть в кольцевом форме, пример тому-плазмиды. Мне бы хотелось знать как изгибается ДНК, что именно там изменяется, какие расстояние между атомами. Меня побудило искать ответ на этот вопрос вот этот статья:
TATA-Binding Protein
Там описано как белок изгибает ДНК в определенном участке, там где TATA последовательность нуклеотидов. Раз A-T пары соединены двумя водородным связями а G-C тремя то наверно это фраза в том статье:
Цитата:
The combination of the unusual flexibility of TATA DNA sequences

и в частности unusual flexibility означает что если у ДНК есть TATA последовательность то тогда его изгибать легче. Вот и хочу как изгибается это молекула. С самого начала он такой:
Изображение
Пары нуклеотидов совсем по-разному могут быть положены к осью изгибы, вот например A-T пара может так изгибаться, точнее просто перевернуться, и изгиба для этой пари по существу и не будет:
Изображение
А вот что будет, если эта пара на 90 градусов будет повернут от предыдущей относительно оси изгиба:
Изображение
Тут на правом части рисунка половина азотистого основания (Тимин) повернута к Аденину на определенный угол.
Короче говоря :D я хочу знать как в кольцевой ДНК изогнута это молекула, какие связи (водородные или ковалентные) изменяются при этом, как именно они деформируются и так далее.
Спасибо всем кто прочитал этот пост до конца, надеюсь на ваш ответ 8-)

 
 
 
 Re: Как изгибается ДНК?
Сообщение26.09.2013, 18:20 
Для конкретики - берёте прогу с молмехом и развлекаетесь. По ТАТА - кинк ДНК ессно нарушает двойную спираль, и в большинстве случаев это сделать проще там, где она увязана 2 водородными, а не тремя. :)

В плазмидах и т.д. радиус слишком велик для заметности эффектов.

В хроматине - гистоны меняют всё, на то они и придуманы. Так что не мучьте коня в вакууме :)

 
 
 
 Re: Как изгибается ДНК?
Сообщение26.09.2013, 18:56 
Аватара пользователя
Зачем вообще пары нуклеотидов изгибать? Металлическая лента в виде геликоиды легко гнётся поперёк себя.

 
 
 
 Re: Как изгибается ДНК?
Сообщение26.09.2013, 23:36 
А.... Э... Гм... Изгибы бывают разные, нк - не металлическая лента, чтобы что-то даже просто считать - спиральку уже надо расплесть (и ессно погнуть)... Там сотни причин для только для кинков, чесслово! :) И минимум десятки механизмов.

Не говоря, что упаковка не только двойной спиралью бывает, но это так, к слову... :)

 
 
 
 Re: Как изгибается ДНК?
Сообщение27.09.2013, 12:18 
Аватара пользователя
dan14444 в сообщении #768159 писал(а):
нк - не металлическая лента

Да, но это просто позволяет ей гнуться и так, и иначе.

 
 
 
 Re: Как изгибается ДНК?
Сообщение28.09.2013, 14:43 
Аватара пользователя
dan14444
Цитата:
Для конкретики - берёте прогу с молмехом и развлекаетесь

А что это за программа? Откуда его скачать?
Цитата:
По ТАТА - кинк ДНК ессно нарушает двойную спираль, и в большинстве случаев это сделать проще там, где она увязана 2 водородными, а не тремя. :)

«Нарушает», то есть там это две водородные связи разрушены? Или азотистые пари просто повернуты относительно друг-другу?
Цитата:
В хроматине - гистоны меняют всё

Ну ведь они там тоже изгибают ДНК, верно?

 
 
 
 Re: Как изгибается ДНК?
Сообщение28.09.2013, 20:48 
Gilgamesh в сообщении #768633 писал(а):
А что это за программа? Откуда его скачать?

Тыщщи их - гугл в помощь по "молекулярной механике". Я лет 15 не интересовался.

Gilgamesh в сообщении #768633 писал(а):
«Нарушает», то есть там это две водородные связи разрушены?

Иногда просто искажены, чаще заменены на что-то (вода, белки и т.д.). Насчёт "разрушены" - оно ж не в вакууме, за что-то да ухватится. Да и не только водородными жива Русь спираль!

Gilgamesh в сообщении #768633 писал(а):
Ну ведь они там тоже изгибают ДНК, верно?

Ессно. Причем ДНК это нравится, Гиббс в минусе :)

 
 
 
 Re: Как изгибается ДНК?
Сообщение20.10.2013, 11:03 
Как-то так...
http://polit.ru/article/2013/04/10/nechaev/

Хотя, наличие нуклеосом, идеальную гибкость и идеальную скользкость, ставит под большие вопросы. Особенно, при эпигенетической модификации гистонов и метилировании цитозина.

 
 
 [ Сообщений: 8 ] 


Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group