Для компьютера нет проблем просчитать траекторию для нескольких миллионов молекул в секунду,
Берём тактовую частоту процессора 3000000000 (3 ГГц) и делим на 1 000000 частиц, получаем 3000 тактов для расчёта траектории 1 частицы.
А теперь вопрос программисту: сколько тактов занимает хотя-бы 1 простейшая операция, например, сложение? А сколько таких операций потребуется при вычислении дифф. уравнения только для 1 частицы? И возможно ли всё это вычислить, затратив всего 3000 тактов?