Я может и неправ, но так строго математически воспринимать биологические теории незачем. Во всяком случае, я их никогда так строго не воспринимал. 
Как можно строго рассуждать, если множество наиболее существенных факторов не только велико, но и быть может принципиально неизвестно. В теории эволюции множество факторов просто не фиксировано.
В любом случае проблемы вообще не вижу.  

upd: все-таки еще скажу: в биологии огромное количество очень содержательных проблем. Искать проблему в противоречивости клеточной теории мне представляется странным (иррелевантным, вот! я выучил новое слово 

).