Я правильно Вас понял, что энергия фотона уменьшается ровно настолько, насколько увеличивается длина волны.
Я именно этого не говорил, но это, несомненно, так. Для фотона выполняются

и

(пишу в "школьном" виде, а вообще эти формулы в физике больше распространены в форме

и

).
Причина этому - расширение вселенной.
Причины этому могут быть разные, в данном случае - да.
Получается что энергия исчезает неведомо куда?
Нет, почему? Если вы разгонитесь со скоростью

навстречу фотону, то получите обратно всю его энергию. А так, вы просто находитесь не в той системе отсчёта.
Джоули-то никуда не денутся?
Никуда не денутся, если их правильно посчитать.