Вы имеете в виду, что эти множества предбазу образуют?
 Почему предбазу? Базу.
Тогда получается, что была дана база топологии (или предбаза), а не сама топология.
 Указание окрестностей всех точек - это один из стандартных способов задания топологии. Прямое определение топологии (семейства всех открытых множеств) - дело обычно весьма нетривиальное.
Просто я привык, что "окрестность точки" и "открытое множество, содержащее точку" - одно и то же.
 Если топология уже задана, то Вы можете определить открытую окрестность точки как любое открытое множество, содержащее эту точку. Но если топология пока не определена, и Ваша задача - определить эту какую-нибудь топологию, то откуда взять это самое "одно и то же"?
Один из способов определения топологии - это указание окрестностей точек. У нас имеется некоторое множество 

. Мы для всех точек 

 определяем непустые семейства 

 подмножеств множества 

, удовлетворяющие следующим аксиомам.
O1. Если 

, то 

.
O2. Если 

 и 

, то существует такое 

, что 

.
O3. Если 

 и 

, то существует такое 

, что 

.
Элементы семейства 

, 

, называются 
открытыми окрестностями точки 

.
Далее можно определять всякие топологические понятия, используя эти окрестности. Например, множество 

 называется 
открытым, если для каждой точки 

 существует такая окрестность 

, что 

.
Легко проверить, что в обсуждаемом примере из учебника Колмогорова и Фомина указанные выше три аксиомы выполняются.