Ничего, что уравнение Лагранжа может быть неоднородным, а уравнение геодезических однородно?
Зависит от того, от чего зависит правая часть. Обычно она либо предопредена заранее, задана внешними условиями, либо вычисляется из состояния системы. Тогда - ничего. Уравнение геодезических тоже можно изобразить как неоднородное, перетащив некоторые слагаемые в правую часть. Вот в них правая часть уравнения Лагранжа и превращается. Но если, скажем, правая часть уравнения Лагранжа вычисляется из прошлого движения системы, то такой фокус уже не пройдёт. В общем да, вы правы, этого случая я не учёл и не оговорил.