Молекулярная динамика - проблемы с основами

[iwndr]

DimaM в сообщении #1567016 писал(а):

А термостат Ланжевена разве в серьезных работах еще применяется? Я обычно вижу упоминание Nosé-Hoover.

Действительно, NH встречается чаще в стандартных симуляциях МД, особенно если речь идет о сложных системах с большим числом взаимодействий (и, как правило, с ним меньше флуктуаций). Но, скажем, в метадинамических симуляциях Ланжевен достаточно распространен, поскольку он позволяет лучше сэмплировать труднодоступные регионы фазового пространства.

apt в сообщении #1567032 писал(а):

Так же спасибо. Но не подскажете, может где-то можно про это почитать с выкладками, чтобы перебором не заниматься?

К сожалению, без перебора практически не обойтись. Оптимальные значения слишком сильно зависят от конкретной системы. Более того, интегратор тоже очевидным образом влияет на оптимальный временной шаг. Но можно использовать следующее правило (которое следует из теоремы Найквиста): оптимальный временной шаг не должен превышать $T/2$, где $T$ - период самого высокочастотного колебания в системе. На практике, даже $T/2$ это слишком много.

apt в сообщении #1567037 писал(а):

Да, вы правы, просто в LAMMPS сам термостат Langevin не выполняет интегрирование по времени (модифицируются только силы, а положение частиц не обновляется) и его приходится использовать вместе с $NVE$, который обновляет положение частиц.

Если вы имеете в виду команду fix nve, то она не навязывает $NVE$ ансамбль если вы используете Ланжевен (в отсутствии термостата - да). Ланжвен+fix nve дает $NVT$ ансамбль. Вообще, в контексте LAMMPS, команда fix не означает "закрепление" какого-либо состояния.