Да, но QtCreator (как и большинство IDE) просто строит проект в соответствии с уже существующим CMakeLists.txt. При этом сам файл CMakeLists.txt приходится "заполнять вручную".
Но он хоть немного помогает в этом, копируя путь добавляемого файла в буфер обмена :). Я так понимаю сложность работы с CMake в гибкости самого CMake из-за чего сложно реализовать корректное изменение CMakeList.txt из IDE.
В контексте вышесказанного, не совсем понятно, зачем тогда вообще нужна IDE. Всё что она делает — визуализирует внутреннюю структуру проекта и обеспечивает быстрый доступ к исходным файлам.
Всё же основное назначение IDE в удобной навигации по проекту, автоматизации часто выполняемых операций, отображении ошибок и взаимодействии с отладчиком. Автоматизация добавления и удаления файлов в проекте не является критически важной, поэтому похоже реализуется по остаточному принципу :).
