Можно составить систему уравнений:

где

и

- i-й момент времени в j-й выборке и соответствующее ему значение сигнала.
Из неё Вы найдёте неизвестные

и

, а уже из них - фазу

и амплитуду

P.S: Усреднять спектры отдельных выборок не советую, и вот почему: чем короче выборка -тем больше будет ошибка в определении амплитуды и фазы, связанная с эффектами перетекания(если конечно у Вас

не кратна частоте дискретизации). И эта ошибка будет даже при полном отсутствии шумов! Конечно, её можно уменьшить с помощью спектральных окон, а потом уже усреднять спектры.
Объединить все данные в одну выборку, как я советовал раньше, корректно, только если выборки содержат целое число периодов гармоники

, иначе, даже если начальные фазы относительно начала отсчёта каждой выборки одинаковы, в общей выборке будут фазовые скачки. Впрочем это никак не повлияет на амплитудный спектр и по нему можно будет определить частоту гармоники (если она не известна).