То, что вспомнилось с ходу.
Примеры из математики:
1. Неумение строить отрицания. Скажем, вызубрив фразу "система векторов линейно зависима, если существует нетривиальная линейная комбинация этих векторов, равная нулевому вектору" ряд первокурсников продолжает так: "а если существует нетривиальная линейная комбинация этих векторов, равная НЕнулевому вектору, то данная система векторов линейно НЕзависима".
2. Непонимание того, что ответ задачи может выглядеть различно. Помню, как один старшеклассник впал в ступор из-за того, что три способа взятия неопределённого интеграла

- а) принять за новую переменную

, б) принять за новую переменную

в) воспользоваться вначале формулой синуса двойного угла - приводят к трём совершенно различным (с его точки зрения) ответам.
3. Довольно частой проблемой является непонимание метода полной математической индукции (или просто неумение строить индуктивное доказательство).
Примеры из физики:
1. Непонимание 3-го закона Ньютона. Попытка сложения сил, приложенных к разным телам.
2. Забывание о векторном характере ряда физических величин. Как следствие - попытка интегрировать модуль вектора там, где нужно интегрировать по отдельности его каждую компоненту.
Вот характерный пример:
topic88416.html3. Непонимание того, что в любом сечении проводника (не имеющего ответвлений) сила тока в стационарном режиме одна и та же. Ряд студентов искренне недоумевает: "Как же так, ведь ток прошёл через резистор! За резистором сила тока должна быть меньше, чем перед ним!"
4. (Это, скорее, к вопросу о невнимательности, но всё же). Смешивание величин, традиционно обозначаемых одинаковыми буквами. Некоторые студенты и школьники вполне способны спутать константу

из закона Кулона с постоянной Больцмана, а температуру со временем. А иные даже заряд электрона с математической константой

(неперовым числом).