В приближении Борна-Оппенгеймера составляют и решают стационарное уравнение Шрёдингера для электронов при фиксированной конфигурации атомных ядер. В результате можно получить зависимость потенциальной энергии электронной оболочки от координат ядер. Далее имеется выбор, рассматривать движение ядер классически или квантово.
Правильно.
К тому же приближение Борна-Оппенгеймера, хотя и выполняется с неплохой точностью во многих случаях, применимо не всегда.
Для очень многих задач оно неплохо работает, но даже когда это приближение "ломается", физики/химики не начинают хаотически бегать с криками
"ААААА!!! Приближение Борна-Оппенгеймера сломалось!!! МЫ ВСЕ УМРЁЁЁМ!!!!1111",
а просто переходят к другим методам и подходам (менее простым), которые позволяют работать с соответствующими задачами.
Рассмотрим молекулу хлороводорода

. Получается квантовый осциллятор-ротатор.
Да, получается.
Какой будет геометрия этой молекулы в основном колебательно-вращательном состоянии? Неужели сферически симметричная?

откуда Вы такую чушь только достаёте?!
Во-первых, надо условиться, что Вы имеете в виду под геометрией молекулы, т.к. для неё можно взять кучу определений в зависимости от методов, которыми эту геометрию мы определяем.
(немного о геометриях)
Обычно, у нас есть 3 источника
силы информации о геометрии молекул (т.е. об расположении атомов друг относительно друга).
- спектроскопические методы;
- дифракционные методы;
- расчёты (по-сути, квантовая химия).
Для свободных молекул наиболее популярны:
- вращательная спектроскопия;
- газовая электронография;
- квантовая химия.
Во вращательной спектроскопии мы извлекаем из спектров вращательные постоянные

(из расстояний между линиями), которые

, т.е. моменту инерции молекулы вдоль некоторой оси

(в системе главных осей, разумеется). Ну вот, из этих вращательных постоянных можно оценить геометрические параметры (для 2х атомной молекулы

, где

-- расстояние между атомами). Но вот беда, на самом деле наши наблюдаемые вращательные постоянные усреднены по колебательно-вращательным степеням свободы в каком-то состоянии (чаще всего в основном, и соответствующие вращательные постоянные обозначаются как

). Поэтому получаемые геометрии молекул (т.е. расстояния, углы и т.д.) также оказываются хитрым образом (через усреднение моментов инерции) усреднены по этому же состоянию, т.е. являются в некотором смысле "эффективными". Такие геометрические параметры обозначают как

, где

-- некоторый номер состояния. Т.е.

-- это геометрия, вытащенная из вращательных постоянных

.
В любом случае, правда, это подразумевает некоторое расположение атомов друг относительно друга. Но, да, в основном вращательном состоянии, когда нет никаких внешних полей и т.д. "ориентация" этой молекулы (т.е. вектора, протянутого между атомами) будет распределена равномерно по сфере.