А как без теории множеств обосновать математический анализ? Будем сомневаться во всех результатах теории чисел, полученных аналитическими методами?
Для большинства матанализа достаточно слабых подсистем арифметики второго порядка.
Честно говоря, я ничего не знаю о доказательстве Уайлза и не могу ничего сказать про то, нужна ли там теория множеств. По моим колхозным понятиям, если для доказательства ВТФ требуется более сильная аксиоматика, чем в арифметике, то такое доказательство уже сильно сомнительно.
Погуглил немного, как я понимаю, там такая ситуация: Уайлс использует теорию, для которой Гротендик в своих работах использовал аксиому о существовании универсума, то есть эта теория формализуется в ZFC + 1 недостижимый кардинал. С другой стороны, специалисты в основном считают, что использование этой теории для анализа кривой

может быть формализовано в некоторой арифметике высшего порядка.