photon
хотя я и не понимаю зачем Вам сокращать названия журналов, но 
вот способ, который мне посоветовали самому
Цитата:
@String{Fizmatlit_Publ           = "Физматлит"} 
@Book{Nogin_2002,
  title =        "Принятие решений в многокритериальной среде:
                  количественный подход",
  author =       "Ногин, В. Д.",
  publisher =    Fizmatlit_Publ,
  year =         "2002",
  address =      "М.",
  language =     "russian",
  numpages =     "144",
}
кажется это то, что Вы сами предлагали (переопределить).
Насчет автоматической замены не скажу, может стоит попробывать стандарт для журналов IEEE, вдруг там действительно замена автоматом.