Обсуждения эволюции, первые молекулы

[Granin]

Вопроса для обсуждения два,

1) D процессе эволюции, если в клетке есть ДНК которая задаёт протеин который более нефункционален или не нужен.
Что заставляет его исчезнуть из ДНК? По логике, ничего, он там остаётся однако происходит мутация которая выводит что-то в цепочки производства из строя.
Но тогда от первого предка должно было остаться много мусора. Раньше говорили что только 1% ДНК реально функционален и это казалось логичным, но сейчас всё больше говорят что функционал есть и у мусорной части.
http://sokrovennik.ru/genetiki-oproverg ... sornoj-dnk

2) А второй вопрос такой. Проблематика в цепочке, для создание протеина нужна ДНК. А для создание ДНК нужен протеин. Мы получаем замкнутый круг где каждый зависит от каждого.
Собственно как на самой ранний стадии эволюции функционировали организмы?
По моей логике, вначале должен был быть протеин, возможно даже не из аминокислот, а из РНК, по типу рибозимы. Этот объект мог собраться случайно, спонтанно по теории супа и по законам термодинамики. Мы получаем молекулу которая может и хранить информацию но и обладает каталитическим действием. Однако переход на протеины и на запись в ДНК для их сборки, проблематично по части логики и статистике...

[Munin]

Granin в сообщении #843009 писал(а):

D процессе эволюции, если в клетке есть ДНК которая задаёт протеин который более нефункционален или не нужен.
Что заставляет его исчезнуть из ДНК? По логике, ничего, он там остаётся однако происходит мутация которая выводит что-то в цепочки производства из строя.

Здесь есть два шага:
1. Протеин перестаёт вырабатываться.
2. Последовательность невырабатывающегося протеина исчезает из ДНК.
Иногда они происходят вместе, когда происходит шаг 2, и "отряд не заметил потери бойца", организм продолжает жить как раньше. Но всё-таки стоит иметь в виду, что одно изменение - биохимического уровня, другое - геномного.

"Выключение" протеина, кроме того, может происходить за счёт мутаций не в нём самом, а за счёт того, что не начинается его экспрессия (метилирование ДНК, изменения в регуляторных генах, включающих его экспрессию).

Последовательность протеина разрушается точечными мутациями, и может исчезнуть в результате делеции крупного участка.

Granin в сообщении #843009 писал(а):

Но тогда от первого предка должно было остаться много мусора.

А от него и осталось. Но имейте в виду, то, что вы сказали: "протеин который более нефункционален или не нужен" - происходит довольно редко. Эволюция всё пускает в дело, модифицирует и сам протеин, и его назначение, и редко отказывается от того, что есть. На уровне протеинов всё происходит подобно тому, как и на уровне, скажем, органов: редко бывает, что какая-то конечность или почка оказывается совсем не нужна, скорее, она преобразуется во что-то новое. Плавник - в ногу - в крыло, чешуя - в кожную чешуйку - в перо. Если хвост или нога становится ненужными, они исчезают.

[Granin]

Цитата:

2. Последовательность невырабатывающегося протеина исчезает из ДНК.

Вот этот момент, будьте добры, поясните пожалуйста. В том собственно и состоит мой вопрос. Почему она исчезает? При копирование ДНК, при деление клетки, копируется всё а не выборочная информация. Если есть ошибки в копирование, они могут быть как ошибка в выборе, или потеря кусочка но так-же и добавления нового.
Т.е. потеря совсем не приоритетна ...

кстати вот статейка к моему второму вопросу
http://users.livejournal.com/_hellmaus_/120317.html

[Munin]

Постепенно зашумляется точечными мутациями до неузнаваемости, например. Ведь на неё не действует отбор, поддерживающий "незашумлённую" версию. Ну и опять же, макро-делеции.

[olenellus]

Granin в сообщении #843009 писал(а):

Раньше говорили что только 1% ДНК реально функционален и это казалось логичным, но сейчас всё больше говорят что функционал есть и у мусорной части.

Ну, это преувеличение от ENCODE. На программу было потрачено порядка сонет миллионов долларов. Проделана гигантская (и важная, я её плодами уже с благодарностью пользовался) работа. Но реалии современной так называемой науки требуют за такие деньги ище и каких-нибдуь гигантских и громких открытий. Так что лучше внимательно почитайте, на основании чего делаются такие выводы.

Munin в сообщении #843138 писал(а):

Ну и опять же, макро-делеции.

Да, например так: ген замолчал, а потом его вырезало кроссинговером по окружившим его за это время повторам мобильных элементов, а организм даже не всплакнул об этом. Потери мусорной ДНК иногда бывают очень значительными. Например, есть два вида бделлоидных коловраток, которые морфологически настолько похожи, что их раньше не различали. Но у одной коловратки геном вдвое больше, чем у другой.

Munin в сообщении #843138 писал(а):

Постепенно зашумляется точечными мутациями до неузнаваемости, например.

Да, таких примеров очень много. Если что-то ещё можно узнать, то такой участок называется псевдогеном. Например, у нас, как у бывших яйцекладущих, ещё можно найти огрызки одного из бывших генов вителлогенина (желточного белка). Остатки остальных двух уже и не разглядеть.

[Munin]

olenellus в сообщении #843197 писал(а):

потом его вырезало

Я представлял себе и такую ситуацию, что вырезается только часть гена. Всё равно после этого ничего хорошего по нему не насинтезируешь.

(Кстати, последняя фраза может быть не совсем верной, если вести речь о генах, синтезирующих разные продукты в зависимости от того, как их прочитать. Допустим для примера, что ген состоит из частей A-B-C, где A-B кодируют один продукт, а B-C - другой продукт. Тогда продукт A-B может быть перестать синтезироваться, а часть гена A - может быть повреждена, и при этом часть B-C продолжает жить и действовать.)

olenellus в сообщении #843197 писал(а):

Например, есть два вида бделлоидных коловраток, которые морфологически настолько похожи, что их раньше не различали. Но у одной коловратки геном вдвое больше, чем у другой.

Если ровно вдвое, то это может быть связано, наоборот, с полногеномной дупликацией. Считается, что это явление не такое уж редкое:
- случайно может происходить там и сям, правда, обычно не закрепляется в потомстве;
- в царстве животных несколько эволюционных веток явно проходили такую дупликацию как макроэволюционное событие. Например, большая часть позвоночных имеет "учетверённый" геном, а прогрессивные рыбы - "увосьмерённый". Правда, это говорится уже не "точно", а "приближённо", поскольку произошло довольно давно, и видно сквозь шум других изменений. В данном случае, оценки по HOX-генам.
- в царстве растений это явление происходит чаще и распространено шире.

[Veter]

Granin в сообщении #843009 писал(а):

Этот объект мог собраться случайно, спонтанно по теории супа и по законам термодинамики. .

На эту тему есть статья Кунина
Статъя тут http://www.biology-direct.com/content/2/1/15
интервью Кунина на русском тут http://lenta.ru/articles/2012/11/30/koonin/

Возврат к маловероятности такого события. Событие настолько маловероятно (10в степени -1018), что автор прибегает к гипотезе мультивселенной.

[Granin]

Veter в сообщении #844420 писал(а):

На эту тему есть статья Кунина
Статъя тут http://www.biology-direct.com/content/2/1/15
интервью Кунина на русском тут http://lenta.ru/articles/2012/11/30/koonin/

Возврат к маловероятности такого события. Событие настолько маловероятно (10в степени -1018), что автор прибегает к гипотезе мультивселенной.

Тут уместна цитат, "что-бы задать правильный вопрос, нужно знать ответ". Если не знаешь какой объект должен собраться, не знаешь какие ингредиенты были, как можно корректно рассчитать вероятность?
Так-же вот считали про то какой шанс что белок правильно свернётся. Насчитали что понадобится времени больше чем существует вселенная. А чуть позже привели теорию гольфового поля, с ключевым SS связями и прочим, что сократило такую вероятность до рамок биологических процессов.

[Veter]

Granin в сообщении #844669 писал(а):

Тут уместна цитат, "что-бы задать правильный вопрос, нужно знать ответ". Если не знаешь какой объект должен собраться, не знаешь какие ингредиенты были, как можно корректно рассчитать вероятность?
.

А вы знаете какой объект самособрался? если утверждаете что теория супа и законы термодинамики помогли ему самособраться.

На сегодня самосборка по предложенным моделям опровергнута экспериментами.

[Granin]

Цитата:

А вы знаете какой объект самособрался? если утверждаете что теория супа и законы термодинамики помогли ему самособраться.

А я не вывожу вероятность как довод...

Цитата:

На сегодня самосборка по предложенным моделям опровергнута экспериментами.

Это совершенно неверно.
Да и не возможно воссоздать такой эксперимент. Нужны неизвестные условия, неизвестные ингредиенты, миллионы лет и огромное пространство.
А так, вон даже взяв эксперимент Миллера — Юри, крайне простой, уже получили много органических молекул.

[Veter]

Granin в сообщении #844879 писал(а):

Это совершенно неверно.

Сможете привести положительные результаты экспериментов?

[Granin]

Цитата:

Сможете привести положительные результаты экспериментов?

Вы вообще прочитали что я написал строчкой после вашей цитаты? :)

[Veter]

Granin в сообщении #844975 писал(а):

Цитата:

Сможете привести положительные результаты экспериментов?

Вы вообще прочитали что я написал строчкой после вашей цитаты? :)

Ещё раз внятно, если вы не знаете что это за объект (на сегодня нет сведений об этом объекте, он неизвестен) , не знаете условий, ингредиентов, времени, пространства, то есть не знаете вообще ничего о том как образовался первый репликатор или мог образоваться, и при каких условиях, тогда какие у вас основания утверждать что он мог образоваться по законам термодинамики и теории супа?
Может быть, что он как раз и не мог образоваться по законам термодинамики и теории супа.

А вот исходя из того что мы имеем сейчас в наличии тот максимально простой РАБОЧИЙ репликатор (живая клетка) Кунин и выводит вероятность её появления исходя из структурной сложности.

[Granin]

Цитата:

Ещё раз внятно, если вы не знаете что это за объект (на сегодня нет сведений об этом объекте, он неизвестен) , не знаете условий, ингредиентов, времени, пространства, то есть не знаете вообще ничего о том как образовался первый репликатор или мог образоваться, и при каких условиях, тогда какие у вас основания утверждать что он мог образоваться по законам термодинамики и теории супа?

Ага, этот вопрос уже верный.
Основания это отсутствие более логичной и правдоподобной теории. Есть множество косвенный улик, множество отдельных теории которые дают именно эту картину. Теории лучше - нету.

Цитата:

А вот исходя из того что мы имеем сейчас в наличии тот максимально простой РАБОЧИЙ репликатор (живая клетка) Кунин и выводит вероятность её появления исходя из структурной сложности.

Ну и? Этот как сравнивать космический шаттл и повозку...

[Veter]

Granin в сообщении #845266 писал(а):

Основания это отсутствие более логичной и правдоподобной теории.

Вы Спирина по этому поводу читали?