Вообще-то двоичная система не единственная в ЭВМ, да. Но конкурирует не с 8-ричной, 16-ричной или 256-ричной, а с единичной (унарной), самой простой и ранней из существующих. В которой числа от 1 до n (или от 0 до n-1) представляются выбором одного из n объектов, неважно, пальцы это, камешки или состояния триггера. Она реализуется легче всего, но для представления сколько-нибудь больших чисел крайне неудобна. Надо переходить к позиционной, и тогда длина записи числа становится не

, а

. А момент перехода к позиционной, для

или

, это и есть обсуждаемый вопрос "что лучше, двоичная или троичная". То есть либо двоичная позиционная, а внутри триггера два состояния, либо троичная позиционная, и в три-триггере состояний три, либо, реально использовавшиеся элементы на 10 состояний (зубчатое колесо в механических или электромеханических машинах или декатрон в ранних электронных, где с электрода на электрод перескакивает тлеющий разряд)

В любом случае начиная с некоторого числа система становится позиционной. При этом переход от двоичной к "байтовой" 256-ричной, или к октальной или гексадецимальной это не полноценная смена основания, а лишь группировка элементов записи числа. То есть в байте у нас не 256 элементов, из коих выбирается один, а 8 двоичных. Так что никаких недостатков (равно и преимуществ, в плане экономности записи) не имеется, только удобство для восприятия человеком, машине же всё равно.
Общее число состояний минимально при троичной системе, но экономия по сравнению с двоичной лишь 5%. Важнее, однако, другое, схемы на три транзистора, имеющей три стабильных и легко переключаемых состояния, не предложено, и моделировать "тритриггер" придётся минимум двумя триггерами, 4 транзистора, и вместо экономии потеря (магнитный элемент в "Сетуни" мог иметь три состояния, два направления намагничивания и ненамагниченность, но миниатюризовать его не удалось).
Поэтому троичная система осталась предметом технофантазий (другое её преимущество - возможность сделать "троично-симметричную" систему счисления, в которой нет особого знакового разряда, каждая цифра может иметь знак, -1, 0 и +1, нет проблем с прямым, обратным и дополнительным представлением отрицательных чисел и связанных с этим парадоксов, а также округление сводится к отбрасыванию лишних знаков; но выигрыш не столь принципиален).