А Вы эту матрицу разложите не по Холецкому, а по собственным векторам и значениям.

Соответственно

И тогда получается довольно ясно, если вспомнить, что лямбды - квадраты длин осей эллипсоида. То есть С у нас поворачивает координатные оси, чтобы она совпадали с осями эллипсоида, а

приводит отклонения по этим осям к стандартной величине.
Ну, или не совсем строго можно сказать, что мы так деформировали пространство, что эллипсоид у нас стал шаром, и уже в этом деформированном пользуемся обычной квадратичной метрикой.
До Махаланобиса был предложен более простой показатель (одной британской антропологиней, то ли археологиней, она древнеегипетские черепа меряла, сравнивая по династиям), в котором отклонения делились на стандартные отклонения соответствующих параметров. Очевидно, это совпадает с расстоянием Махаланобиса, если S диагональна. Но не учитывается корреляция между параметрами. А Махаланобис её учитывает (и не получится, введя вместо одного параметра N его повторных измерений, увеличить его вклад в N раз; они совпадают с точностью до ошибок измерения, корреляция стремится к единице, и вес у них получается меньше).