Да нет там никакого физического смысла. Даже и математического нет.
Напротив. Все три основных подхода к решению ДУЧП (Фурье, Риман, Грин) имеют ясный физический смысл (стоячие волны, бегущие волны, отклик на точечное возбуждение).
Переменные разделяются, когда в уравнении есть какие-то симметрии, которые можно эксплуатировать, разыскивая стационарные решения или собственные колебания. Иногда "наугад", иногда более осмысленно, например, заранее зная симметрию задачи. Наверное, их можно искать даже численно.