Если первое, попробуйте представить этот случай именно так: сначала обнаружили аномальную процессию Меркурия в рамках классической механики
Нет, её обнаружили вообще. У Меркурия довольно большая
прецессия перигелия (а не просто прецессия, и уж тем более не "процессия"). Большая её часть оказывается обусловленной известными эффектами. Почти вся. И этого было достаточно на протяжении долгого времени, пока не повысилась точность измерений и оценок. Тогда нашлась невязка. Её и назвали "аномальной".
потом стали думать с чем это связано: с неприменимостью в данном случае классической механики или с наличием невидимой сущности возле Солнца.
Не так. Стали думать, с чем это связано. Выдвигали множество гипотез (гораздо больше, чем вы полагаете). И все их проверяли. Процесс этот занимал десятилетия. Постепенно гипотезы поотпадали все. "Неприменимость классической механики" - это не гипотеза. Гипотезой это станет в том случае, когда будет предложено что-то на замену классической механике. Такую замену предложил Ньюкомб, а потом другую - Эйнштейн. Ньюкомбовская была ad hoc, и особо не претендовала на истину.
Но мне кажется, что мы подошли к такому порогу общности, когда более общая теория окажется слишком общей.
Нет, не подошли.
Здесь вот такой момент (о котором дилетанты типа вас не знают). Теория не только должна быть
более общей. Ещё она должна быть
не менее содержательной. У нас есть уже одна совсем общая теория, перекрывающая заведомо все остальные: "всё по воле Аллаха". Но она не содержательна, она ничего не говорит о сути явлений, и ничего не предсказывает.
Так же и с общностью, слишком много ненаблюдаемых параметров губят даже самую красивую теорию.
Вы не понимаете, что такое общность. Она растёт не за счёт увеличения наблюдаемых параметров, а обычно даже за счёт уменьшения.