Как именно в этой книге я сейчас не очень помню, но в двух других книгах Мильчина в одном случае заголовки оформлялись по центру, что в случае с нумерацией не очень, а в другом случае выравнивание тоже шло без абзацных отступов, правда и отступа первого абзаца не было (как в англоязычной литературе), что напрягало меня безмерно.
В "Методике редактирования текста" - по центру, что ничему не противоречит, в "Культуре издания, или Как не надо и как надо делать книги" - с абзацными отступами или по центру, в "Справочной книге корректора и редактора" (1974) - по центру, внутритекстовые - с абзаца. И в 2003 г., которая у нас обоих есть, заголовки с абзацным отступом. А номер - типа как в форточке (в абзацном отступе). В НГУ есть очень (исключительно) знающий корректор - И.А.Похорукова. Можно у неё поспрошать.
-- Ср мар 14, 2012 21:57:27 --В основном там у него весьма общие слова и ссылки на ГОСТы, а в журналах Наука/Интерпериодика скобки квадратные.
Вот, пожалуйста, первая попавшаяся статья из журнала изд-ва Наука:
http://www.mathnet.ru/php/getFT.phtml?jrnid=im&paperid=2601&what=fullt&option_lang=rus. Но вообще говоря, и здесь список литературы оформлен не по ГОСТ - весь сдвинут вправо. Ещё раз повторю: бессмысленно за образцами заглядывать в современные издания.
А в Мильчине см. п. 32.4.7, 32.4.8. По поводу вариантов оформления перечней с элементами-абзацами см. п. 2.1.2(Б).