Города обычно на реках строили, и какое-никакое название эти реки ко времени возникновения поселения уже имели.
Когда в местности всего одна река, то её никак не назовешь.
Река она и есть река, с другой не спутаешь.
Давать имена можно лишь ручьям, да притокам.
Люди с низовья реки могут по-своему назвать чужой город в верховьях небезымянной для них реки.
А новое поселение называют в честь реки в столичных кабинетах и по недостатку фантазии.
Наоборот, чаще реку называют по городу, чтобы сделать надпись на карте - и в этом есть смысл.
Наверное, реки Москва, Самара, Костромка так и появились.
А откуда Тибр и Тиволи, даже не могу придумать.
Тибр звучит похоже на Тигр.