А проблема в том, что действительно в основе мира мельчайшие неделимые частицы или поля возникшие раз и навсегда?
Если уж Вы говорите о парадигме, то давайте будем честны и скажем, что представление об атомах Левкиппа-Демокрита-Эпикура и прочих древних мыслителей и близко не стоит с нынешними представлениями. Представление древних не ограничивается словами "мельчайшие неделимые частицы". Если брать точнее их представление, то это представление о мельчайших неделимых, невозникающих и неисчезающих, качественно однородных, не содержащие в себе пустоты сущностях, обладающих определённой формой, причем "сортов" атомов различной формы бесконечно много, целое у Демокрита представляет собой сумму частей, а беспорядочное движение атомов, их случайные столкновения оказываются причиной всего сущего.
С точки зрения современной науки все (ну или почти все) это совсем не так, так что говорить о том, что парадигма не изменилась, хватаясь за отдельную, вырванную из этой парадигмы фразу, просто глупо.
Кроме того, если некое представление о какой-то части мира не претерпевает изменений много лет, то это не значит, что наука стоит на месте - она может развиваться в других направлениях.
Несколько лет назад где-то натыкался в статейке, посвященной тому, что многие критики науки часто трубят о застое в науке, при том, что слабо представляют, что на самом деле происходит в науке и какого уровня делаются открытия - им подавай перестройку всего представления о мире регулярно, желательно, каждый год пару раз. Так вот, в той статейке говорилось о том, что в частности в математике - казалось бы, на первый взгляд, науке, в которой в основном, все, что можно сделать, уже сделано, а сейчас только вносятся определенные штрихи в общую картину, - за последние 20 лет сделано открытий больше, чем за всю предыдущую историю. Честно говоря, не знаю, как определяли, что считать открытием, а что нет, и как вообще был построен этот подсчет, но, в любом случае, это утверждение заставляет задуматься о том, что застоя нет.