А почему у лагранжиана можно отбросить полную производную по времени, а у гамильтониана нельзя?
У гамильтониана самого по-себе - есть физический смысл. Это энергия системы. Она разная, конечно, в классической механике - для разных ИСО (

,

- полная энергия и импульс в движущейся со скоростью

штрихованной ИСО,

- сумма масс частиц):

Так что если говорить об уравнениях движения - для них никакой разницы между

и

. Как и в случает лагранжиана.
Для того, чтобы понять, чему соответствует произвол в выборе лагранжиана для соответствующего гамильтониана - проделайте следующее упражнение. Покажите, чему будет равны канонические импульсы, после добавления к лагранжиану полной производной

от

. Как изменится гамильтониан после такой добавки?