а как масса узнает, какой ей быть - гравитационной или инерционной?
Масса ничего не узнает. Эти ее свойства проявляются при взаимодействиях и зависят от масштабов, в которых происходит взаимодействие с другим объектом (или объектами). Атом с атомом, например, взаимодействуют как гравитирующие (являющиеся источниками гравитационного поля) объекты, система связанных в веществе атомов (пробное тело) взаимодействует с Землей как инерционная масса (не являющаяся источником гравитационного поля).
Каким естественным образом формируется структурная организация? Поясните, пожалуйста.
Внутренняя структура атомов и сами атомы сформированы со времени рождения Вселенной. Следующим этапом формирования структуры ранней Вселенной было формирование звезд. Эти процедуры в деталях я опишу в отдельной теме.
действительно.
Не логичнее ли признать, что не материя обуславливает тяготение, а что-то иное. Сама же материя лишь подчиняется этому воздействию, т.е. тяготеет к силовому центру, обусловленному градиентом "гравитационного" поля.
А что, горячие ядра атомов, планет, звезд , галактик не материальны?
Ядро в атоме является субатомной структурой и находится, по отношению к атому, в других пространственно- временных масштабах. Материя в его объеме в состоянии гипервысокой частоты осцилляции и из масштабов атома (и больших) представляется неделимым целым. Эта частота осцилляций ядра понижается в каждом следующем слое материи, окружающей атом выходя за пределы тех сферических слоев, которые принято называть "Электрон". Вот эти, самые внешние, слои атома, с крайне разреженной материей и низкой частотой осцилляций (понижающейся от слоя к слою) и выполняют роль внешнего "градиента гравитационного поля". Внутренние сферические слои с высокой частотой осцилляций (вплоть до ядра) выполняют роль "слабого" и "электромагнитного" взаимодействий. На частоте осцилляций ядра происходят "сильные" взаимодействия. Как видно из изложенного выше, все взаимодействия имеют общую природу и являются взаимодействиями осцилляторов.