* для записи функции Гамильтона сначала необходимо составить функцию Лагранжа системы, а потом еще и сделать преобразование Лежандра,
Часто как раз функцию Гамильтона можно записать сразу. Не забывайте, это просто энергия :-)
* уравнения Гамильтона 1-го порядка; если задачу можно решить аналитически, мы все равно перейдем к уравнениям 2-го (как ур. Лагранжа). Зачем же огород городить?
Для уравнений 1-го порядка проще исследуются, например, вопросы существования и единственности решения. Кроме того, например, есть теорема о сохранении фазового объёма. Как вы её сформулируете на языке Лагранжа? Она очень важна в статфизике, термодинамике, теории хаоса.
* действие "наиболее естественно" выглядит будучи записанным как интеграл от функции Лагранжа
Да, но действие - только один из нескольких эквивалентных способов описания механики. И фазовый портрет системы - не менее полноценный альтернативный способ, а часто и более информативен.
Арнольда я бы не рекомендовал, может быть, рано, а вот познакомиться с фазовыми портретами стоит. Собственно, фазовый портрет бывает у системы вообще немеханического происхождения, не записываемой через функцию Лагранжа. Даже бывает фазовое пространство нечётного числа измерений.