Обновление исследования от команды MCM (май 2024 г.)
Мы продолжаем характеризовать биомаркеры рака легких, выявленные в проекте MCM1. Это обновление посвящено KLF5, хорошо изученному гену, который участвует в развитии нескольких типов рака. KLF5 является фактором транскрипции, который экспрессируется во многих органах и тканях.
________________________________________
Проект: Картирование маркеров рака
Опубликовано: 13 мая 2024 г.
________________________________________
Терминология
- Фактор транскрипции: белок, который контролирует скорость транскрипции ДНК в РНК, связывая определенную последовательность ДНК.
- Транскрипция: процесс, при котором копия РНК создается из последовательности ДНК.
- Промоторные элементы: участок ДНК, где инициируется транскрипция.
- Сфинголипид: тип липида, который содержит сфингоидное основание остова.
- Трофобласт: слой клеток, который помогает развивающемуся эмбриону прикрепиться к матке, защищает эмбрион и является частью плаценты.
- Диабетическая невропатия: повреждение нервов, вызванное диабетом.
- Диабетическая кардиомиопатия: изменения структуры и функции ткани сердечной мышцы, вызванные диабетом.
- Волчаночный нефрит: заболевание почек, вызванное волчанкой, аутоиммунным заболеванием.
- Хроническая обстрикторная болезнь легких (ХОБЛ): группа заболеваний, вызывающих закупорку дыхательных путей и проблемы с дыханием.
Фон
Идентификация молекулярных маркеров и их комбинаций (сигнатур) позволяет нам раньше выявлять заболевание (диагностические сигнатуры) и стратифицировать пациентов на подгруппы на основе закономерностей прогрессирования заболевания (прогностические сигнатуры). Последняя группа маркеров помогает определить, каким пациентам будут полезны конкретные варианты лечения (прогностические признаки).
Проект Mapping Cancer Markers анализирует наборы данных с миллионами точек данных, собранных у пациентов с раком, чтобы найти такие диагностические, прогностические и прогностические признаки.
С ноября 2013 года волонтеры World Community Grid пожертвовали проекту более 905 700 лет процессорного времени, помогая анализировать данные о раке и саркоме легких и яичников гораздо более тщательно, чем это было бы возможно в противном случае. Мы безмерно благодарны за эту постоянную поддержку.
Сосредоточив внимание на характеристике 26 генов, наиболее результативных при раке легких, мы уже обсуждали VAMP1 , FARP1 , GSDMB , ADH6 , IL13RA1 , PCSK5 , TLE3 и HSD17B11 в предыдущих обновлениях MCM. Здесь мы излагаем информацию о KLF5.
Исследования KLF5
KLF5 (Krueppel-подобный фактор 5) представляет собой фактор транскрипции, который активирует транскрипцию нескольких генов ( Uniprot ). Важность KLF5 при раке легких еще больше усиливается, поскольку он также нацелен на уже обсуждавшиеся нами гены: VAMP1, IL13RA1, PCSK5 и TLE3.
KLF5 участвует в различных биологических процессах, включая ремоделирование кровеносных сосудов [1] и поддержание их работоспособности [2] , метаболизм сфинголипидов и барьерную функцию кожи [3] , клеточный ответ на стресс [4,5] , формирование зубов у мышей [6] и др. дифференцировка эмбрионов и трофобластов [7,8,9], дифференцировка скелетных мышц [10] и самообновление стволовых клеток [9,11] . KLF5 экспрессируется во многих органах и тканях (рис. 1). Исследования также показали, что KLF5 может быть вовлечен в такие состояния, как диабетическая нефропатия [12] и кардиомиопатия [13] , фиброз почек при волчаночном нефрите [14] , защита от иммунного ответа при колите [15] и воспаление дыхательных путей при астме [16]. ] .
Рисунок 1. Экспрессия KLF5 в различных типах тканей ( Атлас белков человека ).
KLF5 также активируется в дыхательных путях пациентов с хронической обструктивной болезнью легких (ХОБЛ) и может участвовать в ремоделировании тканей при ХОБЛ [17] . Примечательно, что исследования показали, что ХОБЛ и рак легких тесно связаны на молекулярном уровне [18] .
Как и в случае с другими генами, которые мы представили до сих пор, было обнаружено, что KLF5 играет защитную роль при раке легких (рис. 2А), который особенно силен у некурящих (рис. 2В).
А
Б
Рисунок 2. (A) Кривые выживаемости для пациентов с раком легких с низкой и высокой экспрессией KLF5 ( KMplot ) и (B) только для некурящих пациентов.
Мы также изучили связь между KLF5 и другими видами рака. Как показано на рисунке 3, при сравнении раковых тканей с нормальными тканями KLF5 по-разному экспрессируется во всех исследованных раковых клетках, кроме одного (обозначено красным текстом).
Примечательно, что уровень KLF5 повышается при раке легких, а также при большинстве других видов рака, тогда как его уровень снижается только в 7 из 22 исследованных видов рака. В литературе KLF5 хорошо изучена связь с многочисленными типами рака, включая рак яичников [19] , рак желудка [20] , рак пищевода [21] , рак щитовидной железы [22] , рак простаты [23] , рак эндометрия [20] . 24] , рак поджелудочной железы [25] , а в последнее время и рак легких [26] .
Рисунок 3. Экспрессия KLF5 в нормальной и раковой ткани при нескольких типах рака. Красный текст представляет значительную разницу между экспрессией в раковой ткани по сравнению с нормальной тканью ( TNMplot ) .
Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.ruhttps://www.worldcommunitygrid.org/abou ... icleId=812
