Как говорят, как раз в палеонтологии многие изменения происходят скачками, после долгих периодов стабильности.
В эволюционной биологии (а отсюда и в палеонтологии) присутствует как механизм филетического градуализма (медленных изменений), так и прерывистого равновесия (быстрые скачки после периодов стагнации). Соотносятся в палеонтологической летописи они примерно как 85-90% в пользу градуализма и 10-15% в пользу прерывистого равновесия.
происходят скачками
Главное не забывать, что речь идет о скачках в смысле геологических и палеонтологических масштабов времени. Не биологических.
Слишком плохое разрешение по времени
Ну так принцип неполноты стратиграфической и палеонтологической летописи - базовый для палеонтологии.
не осталось следов переходных видов.
В смысле "не осталось следов переходных видов"? Большинство видов, обнаруживаемых палеонтологией - переходные, то есть им предшествовал какой-то другой вид и после них остался один или несколько биологических видов. Непереходными являются только виды, которые вымерли, не оставив после себя никаких новых видов.
Вы, наверное, хотели сказать, что многие переходные виды для конкретных ветвей филогенетического древа не обнаружены на данный момент и в этом случае мы строим филогенетическое древо без точных филограмм. Но тут мы возвращаемся ровно к принципу неполноты.