Я совсем не знаю матлаб, особенно вот это:
Это же вот в такое разворачивается:

, да?
Тогда у вас получается строгое равенство

(функция
cumtrapz берёт интеграл точно), и получается линейная зависимость между 1 и 3 столбцами матрицы.
Если подробнее, то регрессия получается такая:

И, выходит, мы можем варьировать

и

, лишь бы

равнялось тому, чему оно равняется. Оно исходно равно

, и в результате тоже получается

— всё правильно.
В сухом остатке получается, что вы просите машину найти

и

из одного-единственного уравнения

. Вы-то знаете, что должно быть

, но компьютер оперирует только теми уравнениями, которые вы ему написали, и он выдаёт какое-то решение (

), которое не обязано совпасть с тем, которое вы знаете.
Если в качестве

взять что-то посложнее линейной зависимости (например,

), то интеграл взялся бы с погрешностью,
точная линейная зависимость между

и

исчезла бы и, вероятно, программа бы посчитала правильно.