Я совсем не знаю матлаб, особенно вот это:
Это же вот в такое разворачивается: 

, да?
Тогда у вас получается строгое равенство 

 (функция 
cumtrapz берёт интеграл точно), и получается линейная зависимость между 1 и 3 столбцами матрицы.
Если подробнее, то регрессия получается такая: 

И, выходит, мы можем варьировать 

 и 

, лишь бы 

 равнялось тому, чему оно равняется. Оно исходно равно 

, и в результате тоже получается 

 — всё правильно.
В сухом остатке получается, что вы просите машину найти 

 и 

 из одного-единственного уравнения 

. Вы-то знаете, что должно быть 

, но компьютер оперирует только теми уравнениями, которые вы ему написали, и он выдаёт какое-то решение (

), которое не обязано совпасть с тем, которое вы знаете.
Если в качестве 

 взять что-то посложнее линейной зависимости (например, 

), то интеграл взялся бы с погрешностью, 
точная линейная зависимость между 

 и 

 исчезла бы и, вероятно, программа бы посчитала правильно.