Но тут не совсем понятно, где и что заклинило
Предположу, что речь идет о защемлении цилиндрической части тела болта/шпильки фланцами при их провороте относительно друг друга (или в случае не соосности отверстий), в этом случае при затяжке шпилька не имеет осевого смещения в отличие от болта, что убережет резьбу.
Касательно стартового вопроса в целом: тут нет однозначного победителя, применение того или иного способа крепления определяется различными факторами, и почти все из них так или иначе обсуждались выше.
При откручивании шпильки может получиться так, что начнет откручиваться не та гайка, которую нужно открутить
эта проблема обычно решаема, способов существует несколько, чаще всего применяют "постукивание" по ключу на "нужной" гайке.